| Journal: | Revista mexicana de ciencias pecuarias |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000440285 |
| ISSN: | 2007-1124 |
| Authors: | Valdez Torres, Jose Manuel1 Grado Ahuir, Juan Alberto1 Castro Valenzuela, Beatriz Elena1 Burrola Barraza, M. Eduviges1 |
| Institutions: | 1Universidad Autónoma de Chihuahua, Facultad de Zootecnia y Ecología, Chihuahua. México |
| Year: | 2020 |
| Season: | Oct-Dic |
| Volumen: | 11 |
| Number: | 4 |
| Pages: | 1192-1207 |
| Country: | México |
| Language: | Español, inglés |
| Document type: | Nota breve o noticia |
| Approach: | Analítico, descriptivo |
| Spanish abstract | El objetivo fue identificar QTL asociados a polimorfismos de nucleótido único (SNP) cuya acción contribuya al desarrollo fenotípico productivo, reproductivo y de salud del ganado lechero de raza Holstein. Ubicados en 120 genes del genoma Bos taurus UMD_3.1.1, se identificaron 341 QTL asociados a 189 SNP con efectos sobre rasgos productivos (FY, NM, MY, MTCAS, MBLF y PL), reproductivos (CONCRATE, DPR, EMBSUR, DAYOPEN y CONCEPT) y de salud (SCC, BTBS y RESRATE). Los SNP fueron verificados en la base de datos dbSNP-NCBI donde 42 % se ubicaron en intrones. Con la plataforma Jvenn se supo que los SNP rs135744058, rs110828053 y rs109503725, fueron comunes en los tres rasgos. La red de correlaciones entre rasgos y genes generada por MetScape (Cytoscape 3.4), mostró una correlación positiva entre PL, DPR, DAYOPEN, CONCRATE y CONCEPT; y una negativa de FY hacia PL, NM, DPR y CONCRATE. La funcionalidad de cada gen fue validada en las bases Gene-NCBI y UniProt, y por ClueGo (Cytoscape 3.4) se seleccionaron vías funcionales con un valor de significancia menor a 0.05, lo que evidenció un entrelazamiento entre el desarrollo de la glándula mamaria, la activación del sistema inmune y la respuesta a hormonas esteroideas; siendo el gen GH quien dirige dicha funcionalidad. Aunque el panorama genético muestra que existe un antagonismo entre rasgos productivos y reproductivos, la actividad genética funcional debido a los 189 SNP analizados, muestra una acción entrelazada en vías ontológicas que influyen tanto en los procesos de producción, así como en vías de reproductivas y de salud |
| English abstract | The aim was to identify QTLs associated with single nucleotide polymorphisms (SNPs) whose action contributes to the productive, reproductive and health phenotypic development of Holstein dairy cattle. 341 QTLs located in 120 genes of the Bos taurus UMD_3.1.1 genome and associated with 189 SNPs with effects on productive (FY, NM, MY, MTCAS, MBLF and PL), reproductive (CONCRATE, DPR, EMBSUR, DAYOPEN and CONCEPT) and health traits (SCC, BTBS and RESRATE) were identified. SNPs were verified in the dbSNP-NCBI database, according to which 42 % were located in introns. The Jvenn platform revealed that the SNPs rs135744058, rs110828053 and rs109503725 were common in all three traits. The network of correlations between traits and genes generated by MetScape (Cytoscape 3.4), showed a positive correlation between PL, DPR, DAYOPEN, CONCRATE and CONCEPT, and a negative correlation of FY with PL, NM, DPR and CONCRATE. The functionality of each gene was validated in the Gene-NCBI and UniProt databases, and ClueGo (Cytoscape 3.4) was used to select functional pathways with a significance value less than 0.05, which rendered an intertwining between the development of the mammary gland, the activation of the immune system and the response to steroid hormones evident, the GH gene being the one that directs this functionality. Although the genetic panorama shows that there is an antagonism between productive and reproductive traits, the functional genetic activity due to the 189 SNPs analyzed exhibits an interwoven action in ontological pathways that influence the production processes, as well as in reproductive and health pathways |
| Disciplines: | Química, Medicina veterinaria y zootecnia |
| Keyword: | Química de alimentos, Bovinos, QTL, Polimorfismos de nucleótido único (SNPs), Holstein |
| Keyword: | Food chemistry, Bovines, QTL, Single nucleotide polymorphism (SNPs), Holstein |
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