| Journal: | Biotecnología vegetal |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000412735 |
| ISSN: | 1609-1841 |
| Authors: | Yanes Paz, Ermis1 Ramos-Echazábal, Gioser María2 Chinea, Glay1 Capdesuñer Ruiz, Yanelis1 Santos Bermúdez, Ramón1 |
| Institutions: | 1Universidad de Ciego de Avila, Centro de Bioplantas, Ciego de Avila. Cuba 2Universidad de La Habana, Facultad de Biología, La Habana. Cuba |
| Year: | 2017 |
| Season: | Ene-Mar |
| Volumen: | 17 |
| Number: | 1 |
| Pages: | 11–17-11–17 |
| Country: | Cuba |
| Language: | Inglés |
| Document type: | Artículo |
| Approach: | Experimental, analítico |
| Spanish abstract | Las proteínas tipo receptoras juegan múltiples papeles en procesos de desarrollo y defensa. En este trabajo se identificaron 75 RLPs en tomate ( Solanum lycopersicum L.) mediante el empleo de búsquedas BLAST iterativas y predicción de dominios. Se construyó un árbol filogenético que incluyó todas las RLPs identificadas en tomate y otras proteínas de este tipo caracterizadas funcionalmente en otras especies. Primero se comprobó si la filogenia basada en la región C3-F constituía un buen indicador de la relación funcional entre proteínas relacionadas de diferentes especies. Se comprobó que, de hecho, las proteínas CLAVATA2 y su ortólogo en maíz FEA2 (FASCIATED EAR2) y la probable CLAVATA2 de tomate descrita en Uniprot se agruparon en una misma rama, lo que valida el enfoque. Con este procedimiento se identificó Solyc12g042760.1.1 como el probable homólogo en tomate del gen TMM. Se demostró que las proteínas en el mismo cluster en el árbol comparten relaciones funcionales, pues se formaron varios cluster de proteínas relacionadas funcionalmente como por ejemplo el cluster Ve, el cluster Cf, y la clada Eix |
| English abstract | The receptor-like proteins (RLPs) play multiple roles in development and defense. In the current work 75 RLPs were identified in tomato ( Solanum lycopersicum L.) using iterative BLAST searches and domain prediction. A phylogenetic tree including all the identified RLPs from tomato and some functionally characterized RLPs from other species was built to identify their putative homologues in tomato. We first tested whether C3-F- based phylogeny was a good indicator of functional relation between related proteins of different species. Indeed, the functionally characterized CLAVATA2 (CLV2), the maize ortholog FASCIATED EAR2 (FEA2) and a putative tomato CLV2 described in Uniprot clustered together, which validates the approach. Using this approach Solyc12g042760.1.1 was identified as the putative tomato homologue of TOO MANY MOUTHS (TMM). It was shown that proteins in the same cluster of the phylogenetic tree share functional relations since several clusters of functionally related proteins i.e. the Ve cluster, the Cf cluster, and the Eix clade were formed |
| Disciplines: | Química, Agrociencias |
| Keyword: | Fitoquímica, Hortalizas, Jitomate, Solanum lycopersicum, Proteínas, Receptores moleculares, RLP, Filogenia |
| Keyword: | Chemistry, Agricultural sciences, Phytochemistry, Vegetables, Tomato, Solanum lycopersicum, Proteins, Molecular receptors, RLP, Phylogeny |
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