| Journal: | Universitas scientiarum |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000355421 |
| ISSN: | 0122-7483 |
| Authors: | Sáenz Suárez, Homero1 Lareo, Leonardo René2 Oribio Quinto, Carlos1 Martínez Mendoza, Juan1 Chávez Zobel, Aura1 |
| Institutions: | 1Pontificia Universidad Javeriana, Facultad de Ciencias, Bogotá. Colombia 2Universidad Centroccidental "Lisandro Alvarado", Decanato de Ciencias de la Salud, Barquisimeto, Lara. Venezuela |
| Year: | 2011 |
| Volumen: | 16 |
| Number: | 1 |
| Pages: | 15-28 |
| Country: | Colombia |
| Language: | Español |
| Document type: | Artículo |
| Approach: | Analítico, descriptivo |
| Spanish abstract | Realizar predicciones computacionales de estructura de las proteínas humanas Hsp27, α B cristalina y HspB8. Materiales y métodos . La predicción de la estructura secundaria se obtuvo mediante un consenso de los programas de predicción secundaria GOR 4, nnPred, Sspro, APSSP2, JPredict, Porter, Prof, SOPMA, HNN y Psi-Pred. Los modelos de estructura terciaria se elaboraron a part ir de fragmentos homólogos de proteínas con estructura terciaria conocida que fueron obtenidos por múltiples alineamientos. Empleando la secuencia primaria se obtuvieron perfiles de antigenicidad de las proteínas nativas y fueron analizados los perfiles de hidrofo bicidad, polaridad, flexibilidad, accesibilidad tanto de las proteínas nativas como de las mutadas. Resultados. Las predicciones de estructura secundaria y terciaria de las proteínas estudiadas muestran que en los tres casos, más del 65% son regiones en coil, 20-25% e n hoja plegada y menos del 10% en alfa hélice. Los análisis de estructura primaria muestran que al menos uno de los perfiles estudiados, en ca da mutación está alterado. Conclusiones. Los análisis comparativos de estructura sugieren que las mutaciones afectan la solubilidad de las proteínas mutadas y con ello su función como chaperonas moleculares |
| English abstract | To make computational predictions of the structure of the human proteins Hsp27, α B-crystalline and HspB8. Materials and methods . The prediction of the secondary structure was obtained by a consensus of the programs for secondary prediction GOR 4, nnPred, Sspro , APSSP2, JPredict, Porter, Prof, SOPMA, HNN and Psi-Pred. The models of tertiary structure were built from fragments homologous to proteins with tertiary known structure that were obtained by multiple alignments. Using the primary sequence we obtained the an tigenicity profiles of native proteins and we analyzed the profiles of hydrophobicity, polarity, flexibility and accessibility of both nat ive and mutant proteins. Results . Predictions of the secondary and tertiary structures of the studied proteins show that in the three cases, more than 65% are coil regions, 20-25 % are folded sheet and less than 10% are alpha helix. Analyses of the primary structure show that at le ast one of the studied profiles in every mutation is altered. Conclusions . The comparative analyses of structure suggest that mutations affect the solubility of the mutated proteins and hence affect their function as molecular chaperon |
| Portuguese abstract | Realizar predições computacionais da estrutura das proteínas humanas Hsp27, α B–cristalina e HspB8. Materiais e métodos . A predição da estrutura secundária foi obtida através de um consenso dos programas de predição secundária GOR 4, nnPred, Sspro, APSSP2, JPredict, Porte r, Prof, SOPMA, HNN e Psi-Pred. Os modelos de estrutura terciária foram desenvolvidos a partir de fragmentos homólogos de proteín as com estrutura terciária conhecida que foram obtidos por alinhamentos múltiplos. Utilizando a seqüência primária foram obtidos p erfis de antigenicidade das proteínas nativas e foram analisados os perfis de hidrofobicidade, polaridade, flexibilidade e acessibilidad e, tanto da proteína nativa, como das mutantes. Resultados. As predições de estrutura secundária e terciária das proteínas estudadas mostram que nos três casos, mais de 65% são regiões em coil, 20-25% de folha pregueada e inferior a 10% em alfa-hélice. A análise da estrutura primária mostra que pelo menos um dos perfis estudados, em cada mutação está alterado. Conclusões. A análise comparativa da estrutura sugere que as mutações afetam a solubilidade das proteínas mutantes e, assim, sua função como chaperones molecular |
| Disciplines: | Química |
| Keyword: | Bioquímica, Química analítica, Proteínas, Estructura secundaria, Estructura terciaria, Modelos computacionales |
| Keyword: | Chemistry, Analytical chemistry, Biochemistry, Proteins, Secondary structure, Tertiary structure, Computational models |
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