| Journal: | Universitas scientiarum |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000364955 |
| ISSN: | 0122-7483 |
| Authors: | Malagón Bernal, Rafael Eduardo1 Fernández Navas, Manuel Alejandro2 Acevedo Sarmiento, Orlando Emilio2 |
| Institutions: | 1Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales, Facultad de Ciencia y Tecnología, Bogotá. Colombia 2Pontificia Universidad Javeriana, Departamento de Física, Bogotá. Colombia |
| Year: | 2012 |
| Season: | May-Ago |
| Volumen: | 17 |
| Number: | 2 |
| Pages: | 119-139 |
| Country: | Colombia |
| Language: | Español |
| Document type: | Artículo |
| Approach: | Experimental, aplicado |
| Spanish abstract | Objetivo. Construir un modelo molecular teórico de la estructura terciara del receptor 5HT2A de Homo sapiens a partir de estructuras obtenidas experimentalmente como plantillas. Materiales y métodos. Para la realización del modelo teórico se contempló el protocolo establecido por Ballesteros y Weinstein para la construcción del receptor acoplado proteína G, por medio de alineamiento de la secuencia de aminoácidos, perfiles de hidrofobicidad, refinamiento de bucles por restricciones espaciales, y minimización de energía con el campo de fuerza OPLS_2005. Resultados. El modelo obtenido fue validado por el gráfico de Ramachandran con un 91,7% de aminoácidos dentro de los límites establecidos para ángulos phi y psi, y un RMSD de 0,95 A con respecto a rodopsina de bovino. Conclusiones. Se obtuvo un modelo teórico validado, útil para realización de estudios de acoplamiento ligando-receptor |
| English abstract | Objective Build a theoretical molecular model of the tertiary structure of the Homo sapiens 5HT2A receptor from experimentally obtained structures as templates. Materials and methods In the construction of the theoretical model we considered the protocol established by Ballesteros and Weinstein for the construction of the G-protein coupled receptor, by the alignment of the amino acid sequence, hydrophobicity profiles, refinement of loops by spatial restrictions and energy minimization with the force field OPLS_2005. Results The resulting model was validated by the Ramachandran plot with 91.7% of amino acids within the limits set for angles phi and psi and a RMSD of 0.95 A with respect to bovine rhodopsin. Conclusions We obtained a validated theoretical model useful in studies of ligand-receptor docking |
| Portuguese abstract | Objetivo Construir um modelo molecular teórico da estrutura terciária do receptor 5HT2A de Homo Sapiens, com estruturas obtidas experimentalmente como moldes. Materiais e métodos. Para a elaboração do modelo teórico se utilizou o protocolo estabelecido por Ballesteros e Weinstein para a construção do receptor acoplado à proteína G, por intermédio de alinhamento da seqiiência de aminoácidos, perfis de hidrofobicidade, refinamento de bucles por restrições espaciais e minimização da energia com o campo de força OPLS_2005. Resultados. O modelo obtido foi validado pelo gráfico de Ramachandran com 91,7% dos aminoácidos dentro dos limites estabelecidos para os ângulos phi e psi, e um RMSD de 0,95 A com respeito à rodopsina de bovino. Conclusões. Obteve-se um modelo teórico validado, útil para a realização de estudos de acoplamento ligante-receptor |
| Disciplines: | Química |
| Keyword: | Bioquímica, Receptores proteicos, Proteína G, Estereoquímica, Hidrofobicidad, Modelado molecular |
| Keyword: | Chemistry, Biochemistry, Protein receptors, G proteins, Stereochemistry, Hydrophobicity, Molecular modelling |
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