| Journal: | Mensaje bioquímico |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000320785 |
| ISSN: | 0188-137X |
| Authors: | Flores Herrera, Oscar1 Rendón Gómez, Juan Luis1 Martínez Montes, Federico1 Guerra Sánchez, Guadalupe2 Sierra Campos, Erick2 Pardo Vásquez, Juan Pablo1 |
| Institutions: | 1Universidad Nacional Autónoma de México, Facultad de Medicina, México, Distrito Federal. México 2Instituto Politécnico Nacional, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, México, Distrito Federal. México |
| Year: | 2008 |
| Season: | Ago |
| Volumen: | 32 |
| Pages: | 95-134 |
| Country: | México |
| Language: | Español |
| Document type: | Conferencia o discurso |
| Approach: | Experimental |
| Spanish abstract | Como resultado de la secuenciación de genomas completos, la rapidez con que aparecen nuevas secuencias de aminoácidos es mucho mayor que el aumento en el número de estructuras proteicas que se obtienen por cristalografía de rayos X o resonancia magnética nuclear. Puesto que las técnicas de aislamiento y secuenciación del DNA son mucho más sencillas y rápidas que las dos que se utilizan para obtener la estructura de las biomoléculas, se espera que esta diferencia aumente en un futuro. Sin embargo, con el modelado molecular se puede acortar la distancia que existe entre el número de secuencias y estructuras. Entre los programas que se requieren para la construcción de modelos tridimensionales de proteínas se encuentran los que realizan búsquedas en bases de datos (BLAST, FASTA), los que llevan a cabo alineamientos pareados (SIM) o múltiples (ClustalX), los que predicen segmentos transmembranales (PHDhtm) o estructura secundaria (PHDsec) y los que construyen la estructura terciaria de una proteína a partir de su secuencia (Modeller y Swiss-Model). La energía de la estructura del modelo se puede minimizar utilizando varios ciclos de dinámica molecular y minimización de energía utilizando programas como NAMD y Gromacs. Un paso importante en este proceso es el de la validación del modelo con programas como Procheck, What_check, Prosa II y errat, entre otros |
| English abstract | Due to the numerous sequencing genome projects around the world, the gap between the number of amino acid sequences and the number of structures increases every year. Today, the best solution to this problem is molecular modeling, a technique that can decrease the sequence-structure gap. Different types of programs are used in molecular modeling. Some of these search data bases for similar sequences (BLAST, FASTA), others carry out pairwise (SIM) or multiple (ClustalX) alignments; there are also the transmembrane segment (PHDhtm) and secondary structure (PHDsec) prediction servers, and the specific programs (Modeller, Swiss- Model) for the construction of the 3D structure of the protein. The energy of the model is minimized thorough several cycles of molecular dynamics and energy minimization (NAMD, Gromacs) and programs like Procheck, What_check, Prosa II, and Errat are used for the validation of the structure |
| Disciplines: | Química, Ciencias de la computación |
| Keyword: | Bioquímica, Biotecnología, Software, Modelado molecular, Estructura secundaria, Estructura terciaria, Modelos de predicción |
| Keyword: | Chemistry, Computer science, Biochemistry, Software, Molecular modelling, Secondary structure, Tertiary structure, Prediction models |
| Full text: | Texto completo (Ver PDF) |
