| Journal: | Journal of the Mexican Chemical Society |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000430055 |
| ISSN: | 1870-249X |
| Authors: | Castro Cerritos, Karla Viridiana1 Torres Elguera, Julio Cesar2 Capataz Tafur, Jacqueline3 Juarez Arellano, Erick Adrian1 Lopez Torres, Adolfo1 |
| Institutions: | 1Universidad del Papaloapan, Instituto de Química Aplicada, Tuxtepec, Oaxaca. México 2University of Warsaw, Faculty of Chemistry, Varsovia. Polonia 3Universidad del Papaloapan, Instituto de Biotecnología, Tuxtepec, Oaxaca. México |
| Year: | 2018 |
| Season: | Abr-Jun |
| Volumen: | 62 |
| Number: | 2 |
| Country: | México |
| Language: | Inglés |
| Document type: | Artículo |
| Approach: | Experimental, analítico |
| Spanish abstract | El análisis de la metilación global de ADN, calculado como el porcentaje de 5-metilcitosina (5mC) respecto a la suma total de citosinas, es un biomarcador bien establecido para el monitoreo a gran escala de eventos epigenéticos de organismos. La purificación, hidrólisis, separación y detección del ADN son etapas críticas para determinar este biomarcador. En el presente trabajo es propuesto un procedimiento robusto para la hidrólisis ácida de ADN asistida por microondas la cual provee patrones de metilación de ADN idénticos a los de la hidrólisis enzimática y una mejor liberación de 5mC respecto a la metodología ácida clásica. La cuantificación se realizó utilizando un cromatógrafo de gases acoplado a un espectrómetro de masas con un analizador de masas de tipo triple cuadrupolo (GC-TQ-MS/MS) usando el modo de monitoreo de reacciones múltiples (MRM) para los derivados de trimetilsililo de las nucleobases, con las transiciones 254→238, 240→170 y 254→238, 254→184 (m/z) para C y 5mC respectivamente, se obtuvo un límite de detección de 0.46 fmol para C y 0.41 fmol para 5mC. El procedimiento propuesto es capaz de determinar 0.004% de 5mC en 50ng de ADN en un tiempo de cromatografía de 10 minutos, siendo una buena alternativa al análisis por LC-MS/MS |
| English abstract | The analysis of the global DNA methylation, calculated as the percentage of 5-methylcytosine (5mC) over the total sum of cytosines, is a well stablished biomarker for monitoring large scale epigenetic events in organisms. DNA purification, hydrolysis, separation and detection methods are critical steps to determine this biomarker. In the present work is proposed a robust procedure for DNA acid-hydrolysis assisted by microwave (MW) that provides identical DNA methylation patterns that enzymatic hydrolysis and better release of 5mC than acid classic method. The quantification was performed using a gas chromatograph coupled to a mass spectrometer with triple quadrupole as mass analyzer (GC-TQ-MS/MS) using multiple reaction monitoring (MRM) mode for the trimethylsilyl-derivates of nucleobases; following the transitions of 254→238, 240→170 and 254→238, 254→184 (m/z) for C and 5mC respectively, was achieved a limit of detection of 0.46 fmol for C and 0.41 fmol for 5mC. The proposed procedure is capable of determine 0.004% of 5mC in 50 ng of DNA in a chromatographic time of 10 minutes, being a good alternative to LC-MS/MS analysis |
| Disciplines: | Biología |
| Keyword: | Química, Bioquímica, Genética, Biología molecular, Metilación, ADN, Microondas, Hidrólisis, Derivatización, Cromatografía de gases, Monitoreo de reacciones múltiples, Espectrometría de masas en tándem |
| Keyword: | Biochemistry, Genetics, Molecular biology, Methylation, DNA, Microwave, Hydrolysis, Derivatization, Gas chromatography, Tandem mass spectrometry, Multiple reaction monitoring |
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