Caracterización in silico y análisis de la expresión génica de proteínas abundantes en la embriogénesis tardía de Agave tequilana Weber var. azul



Document title: Caracterización in silico y análisis de la expresión génica de proteínas abundantes en la embriogénesis tardía de Agave tequilana Weber var. azul
Journal: Botanical Sciences
Database: PERIÓDICA
System number: 000447051
ISSN: 2007-4298
Authors: 1
2
1
1
Institutions: 1Colegio de Postgraduados, Campus Campeche, Champotón, Campeche. México
2Instituto Tecnológico de Chiná, Chiná, Campeche. México
Year:
Season: Ene-Mar
Volumen: 100
Number: 1
Pages: 169-191
Country: México
Language: Español
Document type: Artículo
Approach: Aplicado, descriptivo
Spanish abstract Conocimiento previo/especie: Agave tequilana Weber var. azul es un importante cultivo en México, utilizado para la producción de tequila. Muchas especies de Agave son tolerantes a condiciones áridas. Sin embargo, las bases moleculares de los mecanismos seleccionados en los agaves para confrontar el estrés abiótico, no han sido descritas. Hipótesis: Las proteínas abundantes en la embriogénesis tardía (LEAPs), una superfamilia asociada a las respuestas ante el estrés abiótico en plantas, son un elemento clave en las respuestas de los agaves ante ambientes áridos. Métodos: Datos transcriptómicos de A. tequilana fueron utilizados para realizar análisis in silico e identificar genes que codifican Agave LEAPs. Comparamos sus características estructurales y su similitud/divergencia con LEAPs de otras plantas, utilizando bioinformática. La abundancia de los transcritos de AteqLEAP en órganos vegetativos y en respuesta a altas temperaturas fue determinada mediante qRT-PCR. Resultados: Identificamos tres AteqLEAPs estructuralmente diferentes. Las AteqLEA_5Bs muestran similitud (relativamente baja) con LEAPs conocidas como “atípicas” (LEA_3) y exhiben, inesperadamente, altos niveles de expresión constitutiva en hojas. Los transcritos de AteqLEA_5C (LEA_2) mostraron baja expresión en todos los órganos analizados. Dos isoformas de AteqDHN tipo SK3 muestran el típico desorden estructural e hidrofilicidad de las dehidrinas y son altamente expresadas en hojas no desarrolladas, meristemo vegetativo y tallo (piña). Conclusiones: Las AteqLEAP_5B parecen tener un papel protector preventivo en las hojas fotosintéticas plenamente funcionales; mientras que las AteqDHNs parecen proteger tejidos en proceso de diferenciación como meristemos y hojas en desarrollo; así como tejidos de almacenamiento, como el tallo del agave
English abstract Background/ Studied species: Agave tequilana Weber var. azul is an important crop in Mexico, used for tequila production. Many species of Agave grow in arid lands and are highly tolerant to those environmental conditions. However, the molecular bases of mechanisms selected in agaves to face abiotic stress, have not been described. Hypotheses: Late-embryogenesis abundant proteins (LEAPs), a superfamily closely associated to abiotic stress responses in plants, are a key element in agave responses to arid environments. Methods: Transcriptomic data from A. tequilana were used to perform in silico analyses to identify genes encoding Agave LEAPs. We compare their structural characteristics and their similarity/divergence with described LEAPs from other plant species using bioinformatics. The abundance of the AteqLEAP transcripts in vegetative organs and in response to high temperatures was determined by qRT-PCR. Results: We identified three structurally different AteqLEAPs. AteqLEA_5Bs show low similarity to LEAPs known as “atypical” (containing LEA_3 domain); and they exhibit an unexpected high and constitutive expression pattern in leaves. But AteqLEA_5C (LEA_2) transcripts are low-expressed in all the organs analyzed. Two isoforms of AteqDHN type SK3 show the typical structural disorder and hydrophilicity of dehydrins and are highly expressed in undeveloped leaves, vegetative meristem and stem. Conclusions: AteqLEAP_5Bs seem to play a major and preventive protective role in fully photosynthetic leaves as in a “primed state”; whereas AteqDHNs presumably play a role protecting tissues in differentiation stage as meristem and developing leaves, and storage tissues such as the agave stem
Disciplines: Biología
Keyword: Genética,
Angiospermas,
Embriogénesis,
Expresión génica,
Dehidrinas,
Agave tequilana,
Agavaceae
Keyword: Genetics,
Angiosperms,
Embryogenesis,
Gene expression,
Dehydrins,
Agave tequilana,
Agavaceae
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