Análisis computacional de la interacción in silico de la Agatisflavona con la región de trimerización de la proteína espícula (S) del SARS-CoV-2
Título del documento: Análisis computacional de la interacción in silico de la Agatisflavona con la región de trimerización de la proteína espícula (S) del SARS-CoV-2
Revista: Steviana
Base de datos:
Número de sistema: 000531157
ISSN: 2304-2907
Autores: 1
2
3
Instituciones: 1Universidad Nacional de Asunción, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Departamento de Biología, San Lorenzo. Paraguay
2Universidad Nacional de Asunción, Facultad de Ciencias Químicas, Departamento de Microbiología Industrial, San Lorenzo. Paraguay
3Universidad Nacional de Asunción, Facultad de Ciencias Químicas, Departamento de Biotecnología, San Lorenzo. Paraguay
Año:
Volumen: 12
Número: 2
Paginación: 70-80
País: Paraguay
Idioma: Español
Tipo de documento: Artículo
Enfoque: Analítico, descriptivo
Resumen en inglés The spicule (S) glycoprotein is one of the most important proteins for SARS-CoV-2 virus because it plays a critical role in early stages of viral infection and is considered an important molecular target for the development of new drugs or vaccines. In this study we report in silico interaction of the biflavonoid Agathisflavone with the S protein of SARS-CoV-2. For this purpose, molecular docking tests were carried out between Agathisflavone and the spike protein in different conformations (open and closed) in order to determine and characterize the interaction sites and residues involved. Results obtained suggest that Agathisflavone exhibits higher binding affinities for the trimerization site of the viral homotrimer, with favorable binding energy (ΔGb) values of -10.21±0.52 kcal.mol-1 and -11.19±0.16 kcal.mol-1. These findings suggest that the presence of the biflavonoid in interaction with the trimerization region could also act as a blocker of the assembly of the spike into its quaternary structure and could interfere with the viral replicative cycle, therefore, Agathisflavone can be considered for experimental studies.
Resumen en español La glicoproteína de la espícula (S) es una de las proteínas más importantes para el virus SARS-CoV-2 porque cumple un rol fundamental en etapas iniciales de la infección viral y es considerado un blanco molecular importante para el desarrollo de nuevos fármacos o vacunas. En este estudio se reporta la interacción in silico del biflavonoide Agatisflavona con la proteína S del SARS-CoV 2. Para ello se llevaron a cabo pruebas de acoplamiento molecular entre la Agatisflavona y la espícula S en diferentes conformaciones (abierta y cerrada) a modo de determinar y caracterizar los sitios de interacción y los residuos implicados. Los resultados obtenidos sugieren que la Agatisflavona presenta mayores afinidades de unión por el sitio de trimerización del homotrímero viral, con valores favorables de energía unión (ΔGb) de -10,21±0,52 kcal.mol-1 y -11,19±0,16 kcal.mol-1. Estos hallazgos sugieren que la presencia del biflavonoide en interacción con la región de trimerización podría también actuar como bloqueante del ensamblaje de la espícula en su estructura cuaternaria pudiendo interferir con el ciclo replicativo viral, por lo tanto, la Agatisflavona puede ser considerada para estudios experimentales.
Disciplinas: Biología
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