| Revue: | Revista mexicana de ciencias pecuarias |
| Base de datos: | PERIÓDICA |
| Número de sistema: | 000447474 |
| ISSN: | 2007-1124 |
| Autores: | Domínguez Viveros, Joel1 Medellín Cazares, Adán1 Aguilar Palma, Nelson1 Jahuey Martínez, Francisco Joel1 Rodríguez Almeida, Felipe Alonso1 |
| Instituciones: | 1Universidad Autónoma de Chihuahua, Facultad de Zootecnia y Ecología, Chihuahua. México |
| Año: | 2021 |
| Periodo: | Jul-Sep |
| Volumen: | 12 |
| Número: | 3 |
| Paginación: | 987-995 |
| País: | México |
| Idioma: | Español |
| Tipo de documento: | Nota breve o noticia |
| Enfoque: | Descriptivo |
| Resumen en español | Con el objetivo de definir el panel de polimorfismos de nucleótido simple (SNP) para pruebas de paternidad en bovinos, se analizaron los genotipos en tres razas (número de SNP evaluados e individuos muestreados): Hereford (HER; 202; 1317), Brangus (BRA; 217; 3431) y Limousin (LIM; 151; 8205). Dentro de raza, se descartó los SNP con porcentaje de individuos genotipados (PIG) menor a 90 %, con desequilibrio Hardy Weinberg (HW; P<0.05), con frecuencia de alelo menor de 0.10 o menos y con desequilibrio de ligamiento, donde la correlación entre frecuencias genotípicas fue superior a 0.25. Se estimó los niveles de heterocigosis esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (CIP); así como, el índice de Shannon, el índice de fijación y tamaño efectivo de población (Ne). Se calculó la probabilidad de exclusión (PEC) y de identidad combinada (PIC). El panel final fue de 121, 188 y 113 SNP en HER, BRA y LIM, respectivamente; la principal fuente de descarte fue HW seguido de PIG. Los niveles de Ho y He fueron superior a 0.40; el PIC fue mayor a 0.32 y Ne presentó estimaciones por arriba de 181.3. Los resultados para la PEC fueron superiores a 0.999999; para la PIC, estuvieron por debajo de 1 x 10-20 |
| Resumen en inglés | In order to define the SNP panel for paternity tests in cattle, genotypes were analyzed in three breeds (number of SNPs evaluated and individuals sampled): Hereford (HER; 202; 1317), Brangus (BRA; 217; 3431) and Limousin (LIM; 151; 8205). Within breed, SNPs with a percentage of genotyped individuals (PGI) less than 90 %, with Hardy-Weinberg disequilibrium (HW; P<0.05), with allele frequency less than 0.10 or less and with linkage disequilibrium, where the correlation between genotypic frequencies was greater than 0.25, were discarded. The levels of expected (He) and observed (Ho) heterozygosity, polymorphic information content (PIC) were estimated; as well as the Shannon index, the fixation index and effective population size (Ne). The combined exclusion probability (CEP) and identity probability (CIP) were calculated. The final panel was 121, 188 and 113 SNPs in HER, BRA and LIM, respectively; the main source of discard was HW followed by PGI. Levels of Ho and He were above 0.40; CIP was greater than 0.32 and Ne presented estimates above 181.3. The results for CEP were higher than 0.999999; for CIP, they were below 1 x 10-20 |
| Disciplinas: | Medicina veterinaria y zootecnia |
| Palabras clave: | Bovinos, Pruebas de paternidad, Heterocigosidad, Polimorfismo, Indice de Shannon |
| Keyword: | Bovines, Paternity tests, Heterozygosity, Polymorphism, Shannon index |
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