Molecular and cultural analysis of seasonal actinomycetes in soils from Artemisia tridentata habitat



Título del documento: Molecular and cultural analysis of seasonal actinomycetes in soils from Artemisia tridentata habitat
Revue: Phyton
Base de datos: PERIÓDICA
Número de sistema: 000326938
ISSN: 0031-9457
Autores: 1
1
1
2
3
Instituciones: 1Universidad Autónoma de Chihuahua, Facultad de Ciencias Agrotecnológicas, Chihuahua. México
2University of Ontario, Institute of Technology, Oshawa, Ontario. Canadá
3University of Idaho, Department of Microbiology, Molecular Biology and Biochemistry, Moscow, Idaho. Estados Unidos de América
Año:
Volumen: 78
Paginación: 83-90
País: Argentina
Idioma: Inglés
Tipo de documento: Artículo
Enfoque: Experimental, aplicado
Resumen en español Para comprender la dinámica estacional de las comunidades de actinomicetos en la rizosfera de la planta desértica Artemisia tridentata (sagebrush), se emplearon dos métodos complementarios: (1) PCR basado en el DNAr 16S acoplado con electroforesis de geles con gradientes desnaturalizantes (DGGE), y (2) la metodología de enumeración en placas de agar en la cual se utilizaron 3 medios diferentes para cuantificar bacterias totales, actinomicetos y hongos. Los objetivos de esta investigación fueron: (1) obtener una mayor comprensión de la estructura de las poblaciones de actinomicetos, y (2) determinar su dinámica en la rizosfera de plantas de sagebrush jóvenes y viejas en dos estaciones del año. El análisis de PCR-DGGE mostró que los grupos de actinomicetos fueron menos diversos en suelos obtenidos en invierno asociados a la rizosfera en comparación a aquellos que no estaban asociados. El efecto de la rizosfera para enriquecer la diversidad de actinomicetos y/o selección de poblaciones únicas de actinomicetos fue observado en suelos de rizosfera de planta joven (RSYP) obtenidos en primavera; dicho efecto fue menor en suelos rizosféricos de plantas viejas (RSOP) de la misma estación. En este último tipo de suelo, se observó un cambio en las bandas dominantes en geles de PCR-DGGE entre estaciones. Finalmente, el análisis de plaqueo mostró que el número de actinomicetos fue mayor en primavera, mientras que el de las bacterias totales fue mayor en invierno. Aún cuando se detectó un fuerte efecto del tipo de suelo, se generó información relevante que urge más investigación en el ambiente inexplorado de la rizosfera de sagebrush
Resumen en inglés In order to understand the temporal dynamics of actinomycete communities of the rhizosphere of the desert plant Artemisia tridentata (sagebrush), two complementary methods were used. They were: (1) 16S rDNA-based PCR coupled with denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), and (2) an agar plate enumeration methodology in which three different media were used to quantify total bacteria, actinomycetes, and fungi. The objective of this research were: (1) to obtain a comprehensive picture of the structure of actinomycete populations, and (2) their dynamics in the rhizosphere of young and old sagebrush plants during two distinct seasons. PCR-DGGE analysis showed that actinomycete groups were less diverse in rhizosphere soils collected in winter than in bulk soils. On the other hand, rhizosphere soil of A. tridentata young plants (RSYP) collected in spring showed an enrichment of actinomycete diversity and/or selection of unique actinomycete populations. This was not the case with the actinomycete populations detected in the rhizosphere soil of old plants (RSOP) in the same season. In this later case, a shift in the dominant bands on PCR-DGGE gels was observed between seasons. Finally, the enumeration analysis showed that actinomycete counts tended to be higher in spring, while total bacteria counts were higher in winter. Although strong soil type effects were detected, more research in the unexplored environment of sagebrush rhizosphere is necessary
Disciplinas: Biología
Palabras clave: Ecología,
Hongos,
Rizosfera,
Dinámica de poblaciones,
Variación estacional,
Actinomycetes
Keyword: Biology,
Ecology,
Fungi,
Rhizosphere,
Population dynamics,
Seasonal variation,
Actinomycetes
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