| Revue: | Journal of the Mexican Chemical Society |
| Base de datos: | PERIÓDICA |
| Número de sistema: | 000374046 |
| ISSN: | 1665-9686 |
| Autores: | Trujillo Ferrara, José1 Rosales Hernández, Martha Cecilia1 Correa Basurto, José2 |
| Instituciones: | 1Instituto Politécnico Nacional, Escuela Superior de Medicina, México, Distrito Federal. México 2Instituto Politécnico Nacional, Departamento de Farmacología, México, Distrito Federal. México |
| Año: | 2007 |
| Volumen: | 51 |
| Número: | 3 |
| Paginación: | 148-153 |
| País: | México |
| Idioma: | Inglés |
| Tipo de documento: | Nota breve o noticia |
| Enfoque: | Experimental |
| Resumen en español | La fumarasa es un enzima que podría ser usada como blanco en el diseño de drogas para el tratamiento de infecciones por Helicobacter pylori y Trypanosoma brucei. En este trabajo, se creó la estructura en tercera dimensión (3D) de la fumarasa de corazón de cerdo (FUM P) usando modelado por homología tomando como templete a la fumarasa de Saccharomyces cerevisiae (FUM Y). Después, se usó el programa Q-Site Finder para identificar los posibles sitios de unión de FUM P y FUM Y. Posteriormente, se efectuaron estudios de acoplamiento molecular de un grupo de derivados aril monosustituidos con grupos electrodonadores y electroatractores, sobre la FUM P y la FUM Y, con el fin de validar el modelo por homología. La estructura en 3D de la FUM P mostró alta semejanza estructural (70.33 %) con la estructura cristalina de la FUM Y. Algunos sitios de unión de FUM P identificados con el programa Q-Site Finder corresponden a los sitios A y B de FUM Y. Los resultados de docking mostraron que algunos compuestos interactúan en el sitio A de FUM P FUM Y, siendo los de mayor afinidad aquellos que tienen electroatractores sobre FUM P, lo que sugiere que los efectos electrónicos son los más importantes durante el proceso de reconocimiento para FUM P |
| Resumen en inglés | The fumarase is an enzyme that could be used as target in drug design to treat infections by Helicobacter pylori and Trypanosoma brucei. In the first step, homology modeling was employed to build the 3D structure of pig heart fumarase (FUM P). Then, Q-Site Finder program was used to identify the potential binding sites of FUM P and fumarase of Saccharomyces cerevisiae (FUM Y). Further, molecular docking of arylderivatives substituted at the aromatic ring with an electron withdrawing or donating groups were evaluated on FUM P and on FUM Y to validate the homology model. The homology model of FUM P showed a structure very similar (70.33 % of identity in sequence) to the crystal structure of FUM Y. Some active sites were identified by Q-Site Finder server on FUM P and on FUM Y which could correspond to sites A and B. The docking results showed that some compounds were bonded at the site A on FUM P and FUM Y being those with electron withdrawing groups with more affinity on FUM P, suggesting that electronic effects are the more important ones during the recognition process by FUM P |
| Disciplinas: | Química, Ciencias de la computación |
| Palabras clave: | Bioquímica, Química farmacéutica, Computación, Homología, Acoplamiento, Arilderivados, Fumarasa, Corazón, Cerdos |
| Keyword: | Chemistry, Computer science, Biochemistry, Medicinal chemistry, Computing, Homology, Docking, Arylderivatives, Fumarase, Heart, Swine |
| Texte intégral: | Texto completo (Ver PDF) |
