Concordance analysis between different methodologies used for identification of oral isolates of Candida species



Título del documento: Concordance analysis between different methodologies used for identification of oral isolates of Candida species
Revue: Colombia médica
Base de datos: PERIÓDICA
Número de sistema: 000425534
ISSN: 0120-8322
Autores: 1
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Instituciones: 1Corporación para Investigaciones Biológicas, Unidad de Micología Médica y Experimental, Medellín, Antioquia. Colombia
2Centers for Disease Control and Prevention, Mycotic Diseases Branch, Atlanta, Georgia. Estados Unidos de América
3Pontificia Universidad Javeriana, Facultad de Ciencias, Bogotá. Colombia
4Grupo GERMEN, Laboratorio Médico de Referencia S.A.S., Medellín, Antioquia. Colombia
5Universidad Antonio Nariño, Programa de Odontología, Armenia, Quindío. Colombia
Año:
Periodo: Jul-Sep
Volumen: 49
Número: 3
Paginación: 193-200
País: Colombia
Idioma: Inglés
Tipo de documento: Artículo
Enfoque: Analítico, descriptivo
Resumen en español La clasificación a nivel de especies de las levaduras del género Candida de origen clínico es fundamental para el diagnóstico y la instauración de un adecuado tratamiento para el paciente. Se realizó un estudio de concordancia de cinco metodologías usadas para la identificación de aislamientos orales de Candida spp en Colombia. Métodos: Sesenta y siete aislamientos de Candida spp fueron identificados a nivel de especie utilizando; API® 20 C AUX‚ Vitek® 2 Compact, MALDI TOF (Vitek® MS y Microflex®) y una prueba molecular, PCR Panfungal y secuenciación. Un análisis del costo comercial y tiempo de procesamiento de las muestras por cada método fue realizado mediante el análisis gráfico de ambas variables. Resultados: La PCR Panfungal y secuenciación diferenció 12 especies de Candida‚ los métodos Vitek® MS y Microflex® identificaron 9 especies y los métodos API® 20 C AUX y Vitek® 2 Compact identificaron 8 especies. El análisis de Kappa ponderado (wK) demostró una concordancia alta entre los métodos PCR Panfungal y secuenciación‚ Vitek® MS‚ Microflex® y API® 20 C AUX‚ concordancias agrupadas en las categorías buena y muy buena (wK 0.62-0.93); los Kp que involucraron el método Vitek® 2 Compact presentaron concordancias moderadas o buenas frente a los otros métodos (wK 0.56-0.73). Las metodologías basadas en MALDI TOF MS requirieron 4 minutos para generar un resultado y el método Microflex® fue el método que en nuestro medio presentó el menor precio de venta del servicio. Conclusión: Los métodos evaluados presentaron una alta concordancia en sus resultados‚ siendo más alta para los métodos moleculares y las metodologías basadas en MALDI TOF MS; estas últimas son metodologías más rápidas, económicas y precisas, las cuales se presentan como alternativas prometedoras para la identificación rutinaria de especies de levaduras del género Candida
Resumen en inglés The yeasts species determination is fundamental not only for an accurate diagnosis but also for establishing a suitable patient treatment. We performed a concordance study of five methodologies for the species identification of oral isolates of Candida in Colombia. Methods: Sixty-seven Candida isolates were tested by; API® 20C-AUX, Vitek®2 Compact, Vitek®MS, Microflex® and a molecular test (panfungal PCR and sequencing). The commercial cost and processing time of the samples was done by graphical analysis. Results: Panfungal PCR differentiated 12 species of Candida, Vitek®MS and Microflex® methods identified 9 species, and API® 20C-AUX and Vitek®2 Compact methods identified 8 species each. Weighted Kappa (wK) showed a high agreement between Panfungal PCR, Vitek®MS, Microflex® and API® 20C-AUX (wK 0.62-0.93). The wK that involved the Vitek®2 Compact method presented moderate or good concordances compared with the other methods (wK 0.56-0.73). Methodologies based on MALDI TOF MS required 4 minutes to generate results and the Microflex® method had the lowest selling price. Conclusion: The methods evaluated showed high concordance in their results, being higher for the molecular methods and the methodologies based on MALDI TOF. The latter are faster and cheaper, presenting as promising alternatives for the routine identification of yeast species of the genus Candida
Disciplinas: Medicina
Palabras clave: Microbiología,
Diagnóstico,
Mucosa oral,
Candida,
Reacción en cadena de la polimerasa (PCR),
Espectrometría de masas
Keyword: Microbiology,
Diagnosis,
Oral mucosa,
Candida,
Polymerase chain reaction (PCR),
Mass spectrometry
Texte intégral: http://biblat.unam.mx/hevila/Colombiamedica/2018/vol49/no3/2.pdf