| Revue: | Abanico veterinario |
| Base de datos: | PERIÓDICA |
| Número de sistema: | 000438735 |
| ISSN: | 2007-428X |
| Autores: | Lemus Flores, Clemente1 Alonso Morales, Rogelio2 Toledo Alvarado, Hugo2 Sansor Nah, Raúl3 Burgos Paz, William4 Dzib Cauich, Dany5 |
| Instituciones: | 1Universidad Autónoma de Nayarit, Tepic, Nayarit. México 2Universidad Nacional Autónoma de México, Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, Ciudad de México. México 3Asociación Mexicana de Criadores de Cerdos de Origen Ibérico Yucatán, A. C., Mérida, Yucatán. México 4Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria, Tibaitatá, Cundinamarca. Colombia 5Instituto Tecnológico de Conkal, Conkal, Yucatán. México |
| Año: | 2020 |
| Periodo: | Ene-Dic |
| Volumen: | 10 |
| País: | México |
| Idioma: | Español, inglés |
| Tipo de documento: | Artículo |
| Enfoque: | Experimental, analítico |
| Resumen en español | La estructura poblacional y diversidad genética de 104 cerdos negros lampiños de Yucatán (NLY) y ocho de raza Duroc fueron caracterizados usando un chip SNP50K. Se obtuvo la estructura poblacional, se calculó un análisis de componentes principales (ACP), menor alelo frecuencia (MAF), Heterocigosidad observada (Ho), Consanguinidad (F), Índice de Fijación de individuos en subpoblaciones (Fis), índice de alogamia (t) y análisis de asociación para identificar SNP diferentes entre poblaciones. Según el análisis Admixture la población NLY se estructura en tres subpoblaciones. El componente genético de Duroc en subpoblaciones NLY es bajo de 0.0036 a 0.0353, apreciándose una subpoblación con mayor diversidad genética, con valores más bajos de F, Fis y mayor Ho y t. Se identificaron SNP (p<1.21E-50 a p< 6.4E-20), asociados con genes y procesos biológicos. Genes EHF, DST, PDE8A, FOXA1 y VCL relacionados con la diferenciación de células epiteliales, la morfogénesis y desarrollo del epitelio. Otros 30 SNPs relacionados con el metabolismo de nutrientes, 23 SNPs en transporte de nutrientes, 11 SNPs a inmunidad, 10 SNPs a músculo, esqueleto y embrionario, y siete SNPs a sinapsis y receptores. NLY está distante de Duroc con diferente estructura poblacional y diversidad genética, con diferentes genes que implican procesos biológicos importantes |
| Resumen en inglés | In the present study, the Population structure and genetic diversity of 104 Yucatan black hairless pigs (YBH) and 8 Duroc breeds were by using an SNP50K chip characterized. The population structure was obtained, as well as the calculation of Principal Component Analysis (PCA), Minor Allele Frequency (MAF), observed heterozygosity (oH), consanguinity (F), Fixation index of individuals within subpopulations (Fis), the t (outcrossing rate or alogamia index) was made, also the association analysis to identify SNP with population differences. The genetic component of Duroc in YBH subpopulations is low, from 0.00363 to 0.03532, THUS, IT WAS OBSERVED (appreciating) a subpopulation with greater genetic diversity and lower values of F and Fis, as well as higher oH and t. SNPs were identified (p<1.213E-50 to p< 6.4E-20), associated with genes and biological processes. Genes EHF, DST, PDE8A, FOXA1 and VCL are related to epithelial cell differentiation, morphogenesis, and development of epithelium. Other 30 SNPs are to nutrient metabolism related, 23 SNPs to nutrient transport, 11 SNPs to immunity, 10 SNPs to muscle, skeletal and embryonic, and 7 SNPs to synapses and receptors. YBH is distant from Duroc with different population structure and genetic diversity with different genes that involve important biological processes |
| Disciplinas: | Medicina veterinaria y zootecnia |
| Palabras clave: | Porcinos, Reproducción y genética animal, Cerdos, Diversidad genética, SNP, Diversidad genética, Estructura poblacional |
| Keyword: | Swine, Animal reproduction and genetics, Genetic diversity, Pigs, SNP, Population structure |
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