Theoretical basis for the study of the effect of base composition on DNA melting



Document title: Theoretical basis for the study of the effect of base composition on DNA melting
Journal: Revista mexicana de física
Database: PERIÓDICA
System number: 000417361
ISSN: 0035-001X
Authors: 1
2
Institutions: 1Universidad Autónoma Metropolitana, Iztapalapa, Distrito Federal. México
2National Institutes of Health, Mathematical and Statistical Computing Laboratory, Bethesda, Maryland. Estados Unidos de América
Year:
Season: Dic
Volumen: 50
Number: 6
Pages: 594-600
Country: México
Language: Inglés
Document type: Artículo
Approach: Analítico, teórico
Spanish abstract Se implementan las ideas utilizadas para describir la transición vítrea en vidrios fuertes utilizando el método de la matríz estocástica, dando un marco teórico para el estudio de los cambios configuracionales y la temperatura de desnaturalización del ADN. Nuestro modelo teórico nos permite hacer un estudio sistemático de la temperatura de desnaturalización y de la dependencia de esta temperatura con respecto a la diferencia en la secuencia del ADN. Tomando en cuenta la composición en una cadena, se obtienen resultados analíticos para la fracción de cadena intacta y de la fracción denaturada a una temperatura en particular. El método es aplicable a cadenas largas de ADN como de RNA
English abstract We extend the ideas used to describe the glass transition in strong glasses employing the stochastic matrix method, giving a theoretical framework for the study of the configurational changes and the melting temperature of DNA. Our theoretical model enables a systematic study of the melting transition and the melting temperature dependence on the sequence differences in vertical stacking. Taking into account the fractional composition in a single strand, exact analytic results are given for the fraction of bonds intact and denatured at a particular temperature. This method is applicable to long DNA as well as RNA
Disciplines: Física y astronomía
Keyword: Física,
Física médica,
ADN,
Temperaturas de desnaturalización,
Método de la marca estocástica
Keyword: Physics,
Medical physics,
DNA,
Melting temperature,
Stochastic matrix method
Full text: Texto completo (Ver PDF)