| Journal: | Revista fitotecnia mexicana |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000427661 |
| ISSN: | 0187-7380 |
| Authors: | Quiroz Velásquez, Jesús di Carlo1 Peña del Río, María de los Angeles2 Cruz Hernández, María Antonia1 Fernández Dávila, Susana1 |
| Institutions: | 1Instituto Politécnico Nacional, Centro de Biotecnología Genómica, Reynosa, Tamaulipas. México 2Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias, Campo Experimental General Terán, General Terán, Nuevo León. México |
| Year: | 2008 |
| Season: | Abr-Jun |
| Volumen: | 31 |
| Number: | 2 |
| Pages: | 95-104 |
| Country: | México |
| Language: | Español |
| Document type: | Artículo |
| Approach: | Experimental |
| Spanish abstract | El genoma de un aislamiento severo del virus de la tristeza de los cítricos (VTC) de México (CBG-VTC1) se secuenció en su totalidad. Los 19 300 nucleótidos (nt) del genoma se dividen en 12 marcos de lectura abierta (ORF’s) que codifican para 15 proteínas y dos regio-nes no traducibles (5’ y 3’-UTR). El primer marco de lectura abierta inició en el nucleótido 108 con un tamaño de 9587 nt, y codificó para tres proteínas traslapadas, una poliproteína de 357 kDa que contiene dos proteasas contiguas (P-PRO), una metiltransferasa (MTR) y una helicasa (HEL). El segundo ORF traslapó en los últimos 55 nt de las proteasas; éste codifica para una ARN polimerasa ARN-dependiente (RdRp) con un peso molecular de 47 kDa cuya función es la replica-ción. Los ORF’s del 2 al 10 codificaron 10 productos proteicos con un rango que va de 6 a 65 kDa. El genoma CBG-VTC1 presentó sintenia con genomas ya reportados, y difirió solamente en 2 a 74 nt. La re-gión 5’-UTR del CBG-VTC1 mostró 55 % de identidad con T30, 57.9 % con SY568, 100 % con T36 y solamente 58.9 % con VT, mientras que la región 3’-UTR tuvo 96 % de identidad en todos los aislamien-tos. La identidad aminoacídica promedio fue de 87.0 % con un aisla-miento débil (T30) y de 85.9 %, 93.7 % y 85.13 % con las razas seve-ras SY568, T36 y VT, respectivamente |
| English abstract | The genome of a citrus tristeza virus severe strain from México was completely sequenced. The 19 300 nt genome has 12 open reading frames (ORFs) encoding for 15 proteins and two UTRs (5’ and 3’ -UTR). The first ORF starts at the nucleotide 108 position and com-prises 9587 nt, and it encodes for three overlapping proteins, a large polyprotein of 357 kDa that contains two papain-like proteases (P-PRO), a methyltransferase (MT) and a helicase (HEL). The second ORF overlaps on the last 55 nt of the papain-like proteases and en-codes for a 47 kDa putative RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) with a replication function. The following ORFs encodes for 10 pro-teins from 6 to 65 kDa. Both genomes had 55 % identity at 5’UTR, 57.9 % at T30, 100 % at SY568, 58.9 % at T36 and VT, and 96 % identity at 3’ UTR for all isolates. Average of putative amino acid sequences identities showed of 87.0 % with a mild isolate (T30) and 85.9 %, 93.7 % and 85.13 % with severe isolates T30, SY568, T36 and VT, respectively |
| Disciplines: | Agrociencias |
| Keyword: | Fitotecnia, Fitopatología, Genética, Virus, Virus de la tristeza de los cítricos, Genoma, Closterovirus, Secuencia génica |
| Keyword: | Agricultural sciences, Crop husbandry, Phytopathology, Genetics, Virus, Genome, Closterovirus, Citrus tristeza virus, Gene sequence |
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