| Journal: | Jornal brasileiro de patologia e medicina laboratorial |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000297186 |
| ISSN: | 1676-2444 |
| Authors: | Fernandes, Jose Verissimo1 Meissner, Rosely de Vasconcellos Fernandes, Thales Allyrio Araujo de Medeiros Rocha, Luiz Reginaldo Menezes da Cabral, Maulori Curie2 Villa, Luisa Lina3 |
| Institutions: | 1Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Departamento de Microbiologia e Parasitologia, Natal, Rio Grande do Norte. Brasil 2Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Microbiologia "Paulo de Goes", Rio de Janeiro. Brasil 3Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Cancer, Sao Paulo. Brasil |
| Year: | 2004 |
| Season: | Jun |
| Volumen: | 40 |
| Number: | 3 |
| Pages: | 141-146 |
| Country: | Brasil |
| Language: | Portugués |
| Document type: | Artículo |
| Approach: | Caso clínico, analítico |
| English abstract | OBJECTIVE: To set up a method for DNA extraction from paraffin embedded cervical cancer specimens, previously formalin-fixed, aiming to accomplish retrospective analysis. METHODS: Sixty specimens were submitted to DNA extraction by three different methods. All of them involved digestion of the tissues by proteinase K, followed by DNA purification, based in three different approaches: protocol A used a DNA isolation kit, GlassMax (Gibco/BRL); protocol B was performed with the kit GFX TM Amersham Pharmacia Biotech; and protocol C was based on the method proposed by Banerjee et al.(2), with modifications. To evaluate the integrity and sufficiency of the DNA, the samples were submitted to a in vitro amplification of a segment of the human beta-globin gene, and the PCR products were analyzed by electrophoresis on 7% polyacrylamide gels, followed by silver staining. Results: Among 60 analyzed samples, 45 showed positive results when submitted to the three protocols. In six samples, PCR fragments were obtained with DNAs extracted through protocols A e C; in three samples, DNA extraction was achieved with protocol A only; and in two samples the DNA was successfully extracted only through protocol C. CONCLUSIONS: Protocols A and C generated similar results. Although protocol C is more labor-intensive and time consuming, it does not require a commercial kit and therefore has a lower cost. Furthermore, it does not require the use of organic solvents and may be considered a good alternative for DNA extraction from paraffin embedded tissues |
| Portuguese abstract | OBJETIVO: Padronizar um método alternativo para extração de DNA a partir de tecido fixado em formol e conservado em arquivos de blocos de parafina, visando à realização de estudos retrospectivos. MÉTODOS: Comparou-se a eficiência de protocolos de extração de DNA a partir de tecido parafinado, para análise por reação em cadeia de polimerase (PCR), tomando-se como parâmetro um protocolo baseado em um kit comercial. Foram feitas extrações do DNA de 60 espécimes por três métodos: o protocolo A, baseado no kit GlassMAX; o B, utilizando-se o kit GFX TM; e o C, tendo como base o método de Banerjee et al.(2). A integridade e a suficiência do DNA presente na amostra foram avaliadas pela amplificação por PCR de um segmento de 110pb do gene da beta-globina humana, com visualização por meio de eletroforese em gel de poliacrilamida, corado pela prata. Resultados: Das 60 amostras analisadas, 45 apresentaram resultado positivo na PCR quando o DNA foi extraído por qualquer um dos três protocolos. Em seis amostras, a amplificação foi positiva apenas para o DNA extraído pelos protocolos A e C. Em três amostras, o resultado foi positivo apenas para o DNA extraído pelo protocolo A, e em duas, apenas para o DNA extraído pelo protocolo C. CONCLUSÕES: O protocolo C apresentou desempenho semelhante ao do protocolo A, com as vantagens de apresentar menor custo, dispensar o uso de kit comercial, além de não utilizar solventes orgânicos, revelando-se uma alternativa viável para a obtenção de DNA a partir de tecido fixado em formol e incluído em parafina |
| Disciplines: | Medicina |
| Keyword: | Ginecología y obstetricia, Microbiología, ADN, Parafina, Extracción de ADN, Reacción en cadena de la polimerasa (PCR), Tejidos |
| Keyword: | Medicine, Gynecology and obstetrics, Microbiology, DNA, Paraffin, DNA extraction, Polymerase chain reaction (PCR), Tissues |
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