| Journal: | Computación y sistemas |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000367371 |
| ISSN: | 1405-5546 |
| Authors: | Romero Vivas, Eduardo1 Von Borstel, Fernando D1 Villa Medina, Isaac1 |
| Institutions: | 1Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste S.C., La Paz, Baja California Sur. México |
| Year: | 2013 |
| Season: | Jul-Sep |
| Volumen: | 17 |
| Number: | 3 |
| Pages: | 357-364 |
| Country: | México |
| Language: | Inglés |
| Document type: | Artículo |
| Approach: | Experimental, aplicado |
| Spanish abstract | Los microarreglos de ADN permiten analizar simultáneamente el nivel de expresión de miles de genes ante condiciones múltiples; sin embargo, la gran cantidad de datos generados representa un reto para su análisis y los hace un candidato ideal para el procesamiento masivo paralelo. Dentro de las tecnologías disponibles, el uso de cómputo en tarjetas gráficas de propósito general (GPGPU), es una alternativa eficiente, en términos de costo-efectividad, comparada con respecto a las unidades de procesamiento central (CPU). Este artículo presenta la implementación de algoritmos utilizando la arquitectura de cómputo unificada (CUDA), para determinar la significancia estadística en la evaluación de niveles de expresión génica para un experimento de hibridación de microarreglos, diseñado y llevado a cabo en el Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. (CIBNOR). Los resultados obtenidos se comparan con respecto a las implementaciones tradicionales |
| English abstract | DNA microarrays are used to simultaneously analyze the expression level of thousands of genes under multiple conditions; however, massive amount of data is generated making its analysis a challenge and an ideal candidate for massive parallel processing. Among the available technologies, the use of General Purpose computation on Graphics Processing Units (GPGPU) is an efficient cost-effective alternative, compared to a Central Processing Unit (CPU). This paper presents an implementation of algorithms using Compute Unified Device Architecture (CUDA) to determine statistical significance in the evaluation of gene expression levels for a microarray hybridization experiment designed and carried out at the Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste S.C. (CIBNOR). The obtained results are compared to traditional implementations |
| Disciplines: | Ciencias de la computación, Biología |
| Keyword: | Procesamiento de datos, Genética, ADN, Microarreglos genéticos, Unidades de procesamiento gráfico, Arquitectura de cómputo uinificada, Hibridación, Expresión génica |
| Keyword: | Computer science, Biology, Data processing, Genetics, DNA, Genetic microarrays, Unified computing architecture, Hybridization, Gene expression |
| Full text: | Texto completo (Ver HTML) |
