| Journal: | Ciencias marinas |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000456752 |
| ISSN: | 0185-3880 |
| Authors: | Mendoza Avilés, Ismael1 Muñoz Rojas, Carla A2 Rojas, Mario2 Estrada, Norma2 |
| Institutions: | 1Universidad Autónoma de Baja California Sur, Departamento Académico de Ciencias Marinas y Costeras, La Paz, Baja California Sur. México 2Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste S.C., Programa de Acuicultura, La Paz, Baja California Sur. México |
| Year: | 2021 |
| Season: | Oct-Dic |
| Volumen: | 47 |
| Number: | 4 |
| Pages: | 227-239 |
| Country: | México |
| Language: | Español, inglés |
| Document type: | Artículo |
| Approach: | Experimental, aplicado |
| Spanish abstract | La amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP, por sus siglas en inglés) es un método preciso, sensible, rápido y fácil de realizar para la amplificación de genes en condiciones isotérmicas, y ha servido como una herramienta de diagnóstico poderosa. En este estudio, desarrollamos un protocolo de diagnóstico con LAMP para la detección de Vibrio parahaemolyticus y el virus de la mancha blanca en camarón blanco (Litopenaeus vannamei) y de Perkinsus spp. en Crassostrea spp. en México. Estos patógenos están asociados a distintas enfermedades y se consideran una amenaza en la industria de la acuicultura. Se obtuvieron ostiones y camarones infectados y no infectados de granjas acuícolas en la costa noroeste de México para estandarizar la técnica de LAMP. Determinamos los genes candidatos a través de un primer análisis de muchos conjuntos de cebadores, y luego elegimos un conjunto de cebadores que amplificaron exitosamente con muestras mexicanas. Optimizamos las reacciones de LAMP para cada patógeno con los cebadores seleccionados usando gradientes de temperatura de 61 a 65 ºC, concentraciones de ADN de 2.5 pg a 250.0 ng y tiempos de reacción de 10 a 60 min. Este estudio estableció un procedimiento diagnóstico para la detección de patógenos de ostiones y camarones de México. El diagnóstico y el tratamiento temprano de patógenos pueden reducir enormemente la transmisión de enfermedades en granjas acuícolas |
| English abstract | Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is an accurate, sensitive, rapid, and easy-to-perform method for gene amplification under isothermal conditions, and it has served as a powerful diagnostic tool. In this study, we used LAMP to develop a diagnostic protocol for detecting Vibrio parahaemolyticus and white spot syndrome virus in whiteleg shrimp (Litopenaeus vannamei), and Perkinsus spp. in Crassostrea spp. in Mexico. These pathogens are associated with different diseases and are considered a threat in the aquaculture industry. Infected and uninfected oysters and shrimp were obtained from farms in the northwest coast of Mexico to standardize the LAMP assay. We determined the candidate target genes in the first-round analysis of many sets of primers, and then we chose a set of primers that successfully amplified with Mexican samples. We optimized the LAMP reactions for each pathogen with the chosen primer sets using temperature gradients from 61 to 65 ºC, DNA concentrations from 2.5 pg to 250.0 ng, and reaction times from 10 to 60 min. This study established a diagnostic procedure for detecting pathogens in oysters and shrimp from Mexico. Early diagnosis and treatment of pathogens can immensely reduce disease transmission in aquaculture farms |
| Disciplines: | Medicina veterinaria y zootecnia |
| Keyword: | Zootecnia, Moluscos, Crustáceos, Parasitología, Técnicas de diagnóstico, Crassostrea, Litopenaeus vannamei, Amplificación isotérmica mediada por bucle, Acuacultura, Patógenos |
| Keyword: | Animal husbandry, Molluscs, Crustaceans, Parasitology, Diagnostic techniques, Crassostrea, Litopenaeus vannamei, Loop mediated isothermal amplification, Aquaculture, Pathogens |
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