| Journal: | Biota neotropica |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000272063 |
| ISSN: | 1676-0603 |
| Authors: | Bellicanta, Giovani Sebben1 |
| Institutions: | 1Universidade de Sao Paulo, Instituto de Ciencias Biomedicas, Sao Paulo. Brasil |
| Year: | 2005 |
| Volumen: | 5 |
| Number: | 2 |
| Pages: | |
| Country: | Brasil |
| Language: | Portugués |
| Document type: | Resúmenes |
| Approach: | Analítico, descriptivo |
| English abstract | The catabolism of organic compounds in nature is one of the most important processes of nutrients recycle. Biodegradation process occurs by diversified enzymatic complex present in microorganisms, mainly in bacteria. Presence of catabolic genes encoding degradative enzymes can indicate a potential for bioremediation. The purpose of this work was to investigate the occurrence and diversity of catabolic genes in sediment samples of Santos and São Vicente Estuarine Systems, through culture-independent methods. Catabolic genes were detected through PCR technique using two sets of degenerated primers. One set was constructed based on conserved regions of n-alkanes hydroxylases enzymes (alkanes monooxygenases) and the second one considering enzymes responsible for aromatic ring hydroxylation (ARHDs). The specified group of genes was detected in all nine samples analyzed. Diversity of catabolic genes detected was studied from one pristine and one polluted sampling sites. Both samples presented sequences homologous to alkB genes, with prevalence of alkB4 from Rhodococcus sp. These genes codified alkanes monooxygenases from Gram positive bacteria. Considering the genes required for aromatic ring hydroxylation, the sequences obtained from both samples were homologous to toluene, biphenyl, naphthalene and benzene dioxygenases. Results suggested that degenerated primers evaluated in these study were efficient to evaluate the diversity of catabolic genes in sediment samples of Santos and São Vicente estuarine area. Also, genotypes distributed in these region has the potential to biodegradation of local xenobiotic compounds |
| Portuguese abstract | Um dos mais importantes processos de ciclagem de nutrientes na natureza é o catabolismo de compostos orgânicos por microrganismos. Os compostos de origem biogênica ou sintetizados pelo homem, muitas vezes estranhos ao ambiente (xenobióticos), são metabolizados por uma grande diversidade de microrganismos, principalmente bactérias. Esta capacidade de degradação microbiana é realizada por complexos enzimáticos diversificados. Em locais contaminados, a presença dos genes que codificam essas enzimas pode indicar o potencial genético para os processos de biodegradação. Neste trabalho investigou-se, através de métodos independentes de cultivo, a presença e a diversidade de genes catabólicos em nove amostras de sedimentos do Sistema Estuarino de Santos e São Vicente - SP. A detecção dos genes catabólicos foi realizada através da técnica de PCR, empregando dois conjuntos de oligonucleotídeos iniciadores degenerados. Um conjunto foi desenhado com base em regiões conservadas das enzimas que hidroxilam n-alcanos (alcano monooxigenases), e o outro conjunto com base nas enzimas que hidroxilam anéis aromáticos (ARHDs). Em todas as nove amostras foram detectadas amplificações correspondentes aos genes catabólicos pesquisados. A diversidade destes genes foi obtida a partir da análise das seqüências amplificadas de duas amostras representativas do maior e menor nível de contaminação de origem industrial. Os resultados demonstraram que ambas amostras apresentaram seqüências similares aos genes alkB que codificam as enzimas alcano monooxigenases de bactérias Gram positivas, com prevalência para o gene alkB4 de Rhodococcus sp. A análise da diversidade dos genes que codificam as enzimas que hidroxilam os anéis aromáticos, mostrou a presença de genes que codificam principalmente as enzimas tolueno, bifenilo, naftaleno e benzeno dioxigenases em ambas as amostras. Estes resultados sugerem que os primers desenhados neste estudo foram efic |
| Disciplines: | Química, Biología |
| Keyword: | Bioquímica, Bacterias, Genética, Genes catabólicos, Oxigenasas, Xenobióticos, Biodegradación, Sedimentos, Estuarios |
| Keyword: | Chemistry, Biology, Biochemistry, Bacteria, Genetics, Catabolic genes, Oxygenases, Xenobiotics, Biodegradation, Sediments, Estuaries |
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