| Journal: | Acta scientiarum. Biological sciences |
| Database: | PERIÓDICA |
| System number: | 000392120 |
| ISSN: | 1679-9283 |
| Authors: | Abdala Gamby Diedhiou1 Wardsson Lustrino Borges2 Oumar Sadio3 Faria, Sergio Miana de4 |
| Institutions: | 1Universite Cheikh Anta Diop, Departement de Biologie Vegetale, Bel-Air Dakar. Senegal 2Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria, Macapa, Amapa. Brasil 3Institut National de la Recherche Agronomique, Unite Mixte de Recherche, Bel-Air Dakar. Senegal 4Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria, Divisao de Agrobiologia, Seropedica, Rio de Janeiro. Brasil |
| Year: | 2014 |
| Season: | Oct-Dic |
| Volumen: | 36 |
| Number: | 4 |
| Pages: | 433-441 |
| Country: | Brasil |
| Language: | Portugués |
| Document type: | Artículo |
| Approach: | Analítico, descriptivo |
| English abstract | DNA extraction methods were evaluated for the yield and purity of DNA recovered from mycorrhized roots and whether the recovered DNA is suitable for amplification of arbuscular mycorrhizal (AM) fungal SSU rDNA. The DNeasy Plant Mini Kit and three extraction buffers were used alone or in combination with either polyvinylpyrrolidone (PVP), polyvinylpolypyrrolidone (PVPP) and/or activated charcoal (AC). Among the extraction methods tested, those based on the CTAB buffers yielded more DNA than those based on the TE buffer and the DNeasy Plant Mini Kit. Moreover, the use of AC alone or in combination with PVPP reduced DNA yield, while it significantly improved the purity of recovered DNA, whatever the extraction buffer. On the other hand, the success of nested-PCR amplification was negatively correlated with the amount of template DNA and positively correlated with the purity of recovered DNA. Three methods based on the TE buffer, two on the CTAB-βM buffer and one on the DNeasy Plant Mini Kit produced high-quality DNA in terms of purity and PCR performance. However, the TE buffer-based methods are less time consuming than the CTAB-βM buffer-based methods, and cheaper than the method based on the DNeasy Plant Mini Kit |
| Portuguese abstract | Diferentes métodos de extração de ADN, a partir de amostras de raízes, foram testados e o ADN obtido foi avaliado para a amplificação de genes ribossomais de fungos micorrízicos arbusculares (AM). Três tampões de extração foram utilizados isoladamente ou em combinação com polivinilpirrolidona (PVP), polivinipolipirrolidona (PVPP) e/ou carvão ativado (CA), além do DNeasy Plant Mini Kit. Entre os métodos de extração testados, aqueles com base no tampão CTAB renderam mais ADN do que os baseados no tampão TE e o DNeasy Plant Mini Kit. A utilização de CA ou PVPP nos diferentes tampões reduziram o rendimento de ADN, contudo, melhoraram significativamente a pureza do ADN recuperado, independentemente do tampão de extração. Por outro lado, o sucesso da amplificação por Nested-PCR foi negativamente correlacionado com a quantidade de DNA molde, e positivamente correlacionada com a pureza do ADN. Três métodos baseados no tampão TE, dois no tampão CTAB-βM e o DNeasy Plant Mini Kit produziram ADN de alta qualidade, em termos de pureza e rendimento da PCR. No entanto, os métodos baseados em tampão TE demandam menos tempo do que os métodos baseados em tampão CTAB-βM e são mais baratos do que o uso do DNeasy Plant Mini Kit |
| Disciplines: | Biología, Química |
| Keyword: | Genética, Hongos, Bioquímica, Carbón activado, Buffer, Calidad, ADN |
| Keyword: | Biology, Chemistry, Fungi, Genetics, Biochemistry, Activated carbon, TE buffer, Quality, DNA |
| Full text: | Texto completo (Ver HTML) |
