Bacterial diversity associated with the rhizosphere of wheat plants ( Triticum aestivum ): Toward a metagenomic analysis



Título del documento: Bacterial diversity associated with the rhizosphere of wheat plants ( Triticum aestivum ): Toward a metagenomic analysis
Revista: Phyton
Base de datos: PERIÓDICA
Número de sistema: 000353417
ISSN: 0031-9457
Autores: 1
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Instituciones: 1Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, Instituto de Investigaciones Químico-Biológicas, Morelia, Michoacán. México
Año:
Volumen: 81
Paginación: 81-87
País: Argentina
Idioma: Inglés
Tipo de documento: Artículo
Enfoque: Experimental, aplicado
Resumen en español El suelo rizosférico es uno de los reservorios más gran - des de la diversidad genética microbiana. Antes de realizar un estudio metagenómico a gran escala de un ambiente, tal como el suelo rizos - férico, es necesario realizar un análisis previo de la diversidad genética residente. Por ello, en este trabajo se detectó la diversidad bacteriana asociada a la rizósfera de plantas de trigo por medio de la amplifi - cación de PCR, construcción de una biblioteca y secuenciación de los genes 16S ribosomales. Se detectaron 30 OTUs, incluyendo las Clases Alfaproteobacteria, Betaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Gammaproteobateria, Actinobacteria, Bacilli, Clostridia y bacterias no cultivables. Dentro de las Gammaproteobateria, los géneros más abundantes fueron Pseudomonas , Stenotrophomonas y Bacillus , ya que correspondieron al 40% del total de la biblioteca ribosomal completa. El análisis filogenético demostró que la mayoría de las secuencias ri - bosomales se agrupan en los clados que pertenecen a bacterias comu - nes del suelo o rizosféricas. Para determinar si la muestra es bastante diversa se llevó a cabo una prueba de Shannon-Wiener, resultando en una tasa de 3,8 bits por individuo. Nuestros resultados sugieren que la rizósfera de plantas de trigo es muy diversa y resulta un candidato excelente para otro tipo de análisis metagenómico
Resumen en inglés Rhizospheric soil is one the largest reservoirs of micro - bial genetic diversity. Before conducting a large-scale metagenomic analysis of an environment, such as a rhizospheric soil, it is neces - sary to perform a pre-screening of the resident genetic diversity. In this study, we analyzed the bacterial diversity associated with the rhizosphere of wheat plants by PCR amplification, construction of a library and sequencing of 16S rDNA genes. Thirty OTUs were detected, including the Classes Alfaproteobacteria, Betaproteobac - teria, Deltaproteobacteria, Gammaproteobateria, Actinobacteria, Bacilli, Clostridia and Uncultivable bacteria. Within the Gamma - proteobacteria class, the genera Pseudomonas , Stenotrophomonas and Bacillus were the most abundant, since they corresponded to 40% of the whole ribosomal library. Phylogenetic analysis showed that most of the ribosomal sequences are grouped into clades that belong to common rhizospheric or bulk-soil bacteria. To determine whether the sample is significantly diverse, a Shannon-Wiener test was per - formed, resulting in a rate of 3.8 bits per individual. Our results sug - gest that the rhizosphere of wheat plants is highly diverse and results an excellent candidate for metagenomic analysis
Disciplinas: Biología
Palabras clave: Ecología,
Fisiología vegetal,
Trigo,
Rizósfera,
Diversidad bacteriana,
Metanogénesis
Keyword: Biology,
Ecology,
Plant physiology,
Wheat,
Rhizosphere,
Bacterial diversity,
Methanogenesis
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