Analysis of genetic diversity and structure of baluchi sheep by microsatellite markers



Título del documento: Analysis of genetic diversity and structure of baluchi sheep by microsatellite markers
Revista: Tropical and subtropical agroecosystems
Base de datos: PERIÓDICA
Número de sistema: 000373113
ISSN: 1870-0462
Autores: 1
1
1
2
1
Instituciones: 1Ferdowsi University, Faculty of Agriculture, Mashhad. Irán
2Shahid Bahonar Universty, Faculty of Agriculture, Kermán. Irán
Año:
Periodo: Sep-Dic
Volumen: 14
Número: 3
País: México
Idioma: Inglés
Tipo de documento: Artículo
Enfoque: Experimental, analítico
Resumen en español Se estimó la diversidad de alelos, la variabilidad genética y la estructura poblacional de dos subpoblaciones del borrego Baluchi empleando siete marcadores microsatelitales en 503 individuos. El número promedio de alelos por locus para todos los locus fue de 5.57. El rango de alelos por locus fue de 4 en los locus BM1853 y BMS1714 a 7 en los locus MCM200 y RM0006. Los siete locus evaluados fueron todos polimórficos en ambas subpoblaciones. El promedio de heterozigocidad en todos los locus fue menor a la esperada. La prueba de la desviación de frecuencia genotípica en relación al equilibrio esperado de acuerdo a la ley de Hardy-Weinberg (HWE) en cada locus reveló una desviación significativa del valor esperado. Se observó un baja tasa de endogamia en dentro de cada población (Fis = 0.003). Se observa una baja diferenciación genética entre ambas poblaciones basado en el índice Fst. El análisis de estructura genética (AMOVA) mostró que 2.4% de la variación genética era explicada por diferencias poblacionales y 97.6% por diferencias individuales. La media del valor de información de polimorfismo (PIC) para todos los locus de la población Baluchi fue de 0.65. Además, el análisis de segregación de la población indicó que el 85% de los individuos proporcionaron información, indicando el relativamente alto nivel de polimorfismo en los marcadores seleccionados en el borrego Baluchi
Resumen en inglés Allele diversity, genetic variability and population structure in two subpopulations of Baluchi sheep were estimated using seven microsatellite markers. A total of 503 individuals from two subpopulations were genotyped. Average number of alleles per locus for all loci was 5.57. The range of alleles per locus was from 4 in BM1853 and BMS1714 loci to 7 in MCM200 and RM0006 loci. The seven tested loci were all polymorphic in both subpopulations. The average observed heterozygosity over all the loci in each subpopulation was less than the expected heterozygosity. Test of genotype frequency deviation from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) at each locus, over all the population, revealed a significant departure from HWE. A slightly low rate of inbreeding within the two subpopulations was noticed (Fis = 0.003). Low genetic differentiation was detected based on the estimated Fst index between the two subpopulations. The genetic structure (AMOVA) analysis showed that about 2.4% of the total genetic variation was explained by population differences and 97.6 percent was corresponded to differences among individuals. The mean of polymorphism information content (PIC) value for all loci in Baluchi population was 0.65. In addition, the analysis of segregation in the populations showed that 85% of the individuals were informative, indicating the relatively high polymorphism in selected marker in Baluchi sheep
Disciplinas: Medicina veterinaria y zootecnia,
Biología
Palabras clave: Ovinos y caprinos,
Zootecnia,
Genética,
Borregos,
Baluchi,
Diversidad genética,
Marcadores biológicos,
ADN,
Endogamia,
Marcadores microsatélites,
Estructura genética
Keyword: Veterinary medicine and animal husbandry,
Biology,
Animal husbandry,
Sheep and goats,
Genetics,
Sheep,
Baluchi,
Genetic diversity,
Biological markers,
DNA,
Inbreeding,
Microsatellite markers,
Genetic structure
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