| Revista: | Computación y sistemas |
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| Número de sistema: | 000560318 |
| ISSN: | 1405-5546 |
| Autores: | García Blanquel, Ericka1 García Blanquel, Claudia1 Luna García, René1 |
| Instituciones: | 1Instituto Politécnico Nacional, Centro de Investigación en Computación, Ciudad de México. México |
| Año: | 2019 |
| Periodo: | Abr-Jun |
| Volumen: | 23 |
| Número: | 2 |
| Paginación: | 569-582 |
| País: | México |
| Idioma: | Español |
| Tipo de documento: | Artículo |
| Resumen en español | En este trabajo se desarrolla un algoritmo híbrido para el problema de optimización geométrica molecular el cual está clasificado como NP-completo. La propuesta se basa en combinar un algoritmo evolutivo con un algoritmo de agrupamiento para equilibrar la exploración y la explotación del espacio de búsqueda. Este algoritmo trabaja con la estructura secundaria de una molécula de proteína, utilizando como componentes principales a los ángulos diedros φ(phi) y ψ(psi) de la cadena principal, ya que de ellos depende directamente la energía del sistema. Estos ángulos se describen en una gráfica de Ramachandran y la búsqueda local trabaja sobre las regiones de valores permitidos para φ y ψ de esta gráfica, de tal manera que la búsqueda es dirigida hacia las conformaciones de menor energía. |
| Resumen en inglés | In this work a hybrid algorithm is developed to solve a geometric optimization problem which is classified as NP-complete problem. The proposal effectively combines an evolutionary algorithm with a clustering algorithm to balance the exploration and exploitation of the search space. This algorithm works with the secondary structure of the molecule using the backbone dihedral angles φ(phi) and ψ(psi) as the main components because de energy depend directly of them, the angles φ and ψ are described in a Ramachandran map and the local search is guided towards the conformations of the lowest energy. |
| Disciplinas: | Ciencias de la computación |
| Palabras clave: | Optimización geométrica, Algoritmo evolutivo, Algoritmo de agrupamiento, Inteligencia artificial |
| Keyword: | Geometric optimization, Evolutionary algorithm, Clustering algorithm, Artificial intelligence |
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