| Revista: | Alerta (San Salvador) |
| Base de datos: | PERIÓDICA |
| Número de sistema: | 000441559 |
| ISSN: | 2617-5274 |
| Autores: | Rivera, Noé Rigoberto1 Ortega Pérez, Carlos Alexander1 Sandoval López, Xochitl2 Hernández Avila, Carlos Enrique2 |
| Instituciones: | 1Universidad de El Salvador, Facultad de Medicina, San Salvador. El Salvador 2Instituto Nacional de Salud, Departamento de Gobernanza y Gestión del Conocimiento, San Salvador. El Salvador |
| Año: | 2021 |
| Volumen: | 4 |
| Número: | 1 |
| Paginación: | 61-66 |
| País: | El Salvador |
| Idioma: | Español |
| Tipo de documento: | Artículo |
| Enfoque: | Analítico, descriptivo |
| Resumen en español | En este trabajo se describen las primeras secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras de pacientes salvadoreños. Objetivo. Reportar las primeras secuencias completas del genoma del SARS-CoV-2 de casos procedentes de El Salvador. Metodología. Se realizó una secuenciación masiva en la plataforma MiniSeq Illumina a partir de muestras de secreción nasofaríngea. Resultados. El análisis filogenético determinó que estas muestras pertenecen al clado 20C secundario de 20A que tiene en común la variante de la mutación D614G de la glicoproteína espícula. La mutación S: D614G fue encontrada en las seis secuencias de SARS-CoV-2. En la plataforma GISAID, las secuencias mostraron pertenecer al clado GH linaje pangolín B.1.2 y B.1.370; ambos linajes están presentes en Estados Unidos. Conclusión. El análisis filogenético evidenció que estas seis muestras pertenecen al clado 20C, clado secundario de 20A, que tiene en común la variante de la mutación D614G de la glicoproteína espícula |
| Resumen en inglés | This work describes the first complete SARS-CoV-2 genome sequencies from samples of Salvadorean patients. Objective. To report the first six complete SARS-CoV-2 genome sequencies of six indigenous cases of COVID-19 detected in El Salvador, from nasopharyngeal discharge samples. Methodology. An NGS next generation sequencing was performed from indigenous samples in the Illumina platform MiniSeq. Results. The phylogenetic analysis showed that these isolated belong to the clade 20C secondary of 20A, which have in common the S: D614G variant; the D614G mutation of the spike glycoprotein was found in the six sequencies of the SARS-CoV-2 genome. Using the GISAID platform, the sequencies were found to belong to the clade GH lineage pangolin B.1.2 y B.1.370, both present in the United States. Conclusion. The phylogenetic analysis showed that these six samples belong to clade 20C, a secondary clade of 20A, which has in common the variant of the spike glycoprotein D614G mutation |
| Disciplinas: | Medicina |
| Palabras clave: | Genética, Virus, SARS-CoV-2, Genoma viral, Secuencia genómica, Análisis filogenético |
| Keyword: | Genetics, Virus, SARS-CoV-2, Viral genome, Genomic sequence, Phylogenetic analysis |
| Texto completo: | https://alerta.salud.gob.sv/wp-content/uploads/2021/01/Primeras-seis-secuencias-del-genoma_version-final_22-enero-2021_h9-30m.pdf |
