Optimización de un protocolo de extracción de DNA total para la amplificación de marcadores moleculares funcionales específicos de organismos desnitrificantes
Título del documento: Optimización de un protocolo de extracción de DNA total para la amplificación de marcadores moleculares funcionales específicos de organismos desnitrificantes
Revista: CICIMAR Oceánides
Base de datos: PERIÓDICA
Número de sistema: 000385052
ISSN: 1870-0713
Autores: 1
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Instituciones: 1Instituto Politécnico Nacional, Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas, La Paz, Baja California Sur. México
Año:
Periodo: Dic
Volumen: 29
Número: 2
Paginación: 37-44
País: México
Idioma: Español
Tipo de documento: Artículo
Enfoque: Analítico, descriptivo
Resumen en español En esta contribución se planteó el objetivo de resolver la problemática que se enfrenta al trabajar con técnicas de biología molecular para la extracción de DNA obtenido de material particulado marino en suspensión, y se presenta un propuesta de cómo pueden ser resueltos estos problemas. Los protocolos comúnmente empleados fueron modificados para optimizar la cantidad de DNA total extraído, incrementado así la probabilidad de la amplificación de genes funcionales. Se presentan, además, resultados de la selección de sitios hipervariables para el 16S rRNA, así como para los genes nirS, nirK y nosZ para determinación de amplicones útiles en la identificación de microorganismos participantes en la ruta de desnitrificación en la columna de agua
Resumen en inglés In this contribution we had the objective to solve the problems encountered working with molecular biology techniques for the extraction of DNA obtained from marine suspended particulate matter, and we provide an alternative on how to resolve such problems. Commonly employed protocols were modified to optimize the total DNA extracted increasing in terms of quality and quantity the probability of amplifying the functional genes. In addition, the results of the selection of hypervariable sites of 16S rARN and nirS, nirK and nosZ genes are presented for the determination of amplicons useful in the identification of microorganisms participating in the denitrification pathway in the water column
Disciplinas: Química
Palabras clave: Bioquímica,
Biología molecular,
Microorganismos,
Marcadores moleculares,
ADN
Keyword: Chemistry,
Biochemistry,
Molecular biology,
Microorganisms,
Molecular markers,
DNA
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