In silico identification and expression analysis of Metal-nicotianamine transporter (YSL3) and Oligopeptide transporter 3 (OPT3) under Cd stress in Brassica oleracea var. acephala
Título del documento: In silico identification and expression analysis of Metal-nicotianamine transporter (YSL3) and Oligopeptide transporter 3 (OPT3) under Cd stress in Brassica oleracea var. acephala
Revista: Botanical Sciences
Base de datos: PERIÓDICA
Número de sistema: 000446925
ISSN: 2007-4298
Autores: 1
1
1
Instituciones: 1International University of Sarajevo, Faculty of Engineering and Natural Sciences, Sarajevo. Bosnia y Herzegovina
Año:
Periodo: Oct-Dic
Volumen: 98
Número: 4
Paginación: 516-523
País: México
Idioma: Inglés
Tipo de documento: Artículo
Enfoque: Experimental, aplicado
Resumen en español Antecedentes: La proteína transportadora de metales quelados con nicotianamina (yellow-stripe-like -YSL) pertenece a la familia de transportadores de oligopéptidos, caracterizada en Arabidopsis thaliana. Los oligopéptidos transportadores (TOPS) son un grupo de proteínas localizadas en la membrana, involucrados en movilizar nitrógeno, transportar glutatión y distribuir metales a larga distancia. El gen para el transportador de metal-nicotianamina 3 (YSL3) incorpora un dominio transportador que ha sido reportado en la transferencia de varios metales en diversas especies, entre ellos el transporte de cadmio en B. oleracea. Objetivo: Evaluar y confirmar la expresión del transportador de metal-nicotianamina (YSL3) bajo estrés de cadmio. Especie estudiada: Brassica oleracea var. acephala Sitio de estudio y fecha: Las muestras de B. oleracea var. acephala se recolectaron en Blagaj region, Bosnia y Herzegovina. Métodos: Mediante un enfoque bioinformático simple se descubrió y anotó el interactoma del transportador de metal-nicotianamina (YSL3) y se determinaron los niveles de expresión de TOP3 y YSL3 por medio de qRT-PCR. Resultados: Hemos identificado un compañero de interacción fuerte de YSL3, más tarde confirmado como proteína transportadora de oligopéptido 3 (TOP3) en B. oleracea. El análisis de expresión in vitro mediante el uso de una qRT-PCR reveló una regulación positiva significativa de YSL3 y TOP3, inducida por el estrés de Cd. Conclusiones: Estos hallazgos indican que el enfoque representado in-silico, seguido del estudio de expresión génica in vitro, confirmó con éxito YSL3 e identificó a TOP3 como un nuevo gen de Brassica oleracea, en correlación con el estrés de cadmio
Resumen en inglés Background: Metal-nicotianamine transporter (YSL) family protein belongs to the oligopeptide heavy metal transporter group, as characterized in Arabidopsis thaliana. Oligopeptide transporters (OPTs) are a group of membrane-localized proteins, involved in different transport mechanisms, contributing to nitrogen mobilization, glutathione transport and long-distance metal distribution. Metal-nicotianamine transporter gene 3 (YSL3) incorporates the oligopeptide transporter domain, found to transfer several heavy metals in diverse plant species, and among them cadmium transport in Brassica oleracea. Objective: To evaluate and confirm the expression of Metal-nicotianamine transporter (YSL3) under cadmium stress. Studied species: Brassica oleracea var. acephala Study site and dates: Brassica oleracea var. acephala samples were collected from Blagaj region, Bosnia and Herzegovina. Methods: Through a simple bioinformatic approach the interactome partner of Metal-nicotianamine transporter (YSL3) was discovered and annotated. Oligopeptide transporter 3 (OPT3) and Metal-nicotianamine transporter (YSL3) genes were checked for expression levels under cadmium stress. Results: We have identified a strong interacting partner of YSL3, later confirmed as Oligopeptide transporter 3 (OPT3) protein in Brassica oleracea. The in vitro expression analysis by using a qRT-PCR revealed a significant upregulation of YSL3 and OPT3, during Cd stress. Conclusions: These findings indicate that the represented in-silico approach, followed by in vitro gene expression study, successfully confirmed YSL3 and identified OPT3 as a new gene, in correlation to cadmium stress
Disciplinas: Biología
Palabras clave: Angiospermas,
Genética,
Oligopéptidos transportadores,
Bioinformática,
Expresión génica,
Metales pesados,
Brassica oleracea,
Brassicaceae
Keyword: Angiosperms,
Genetics,
Carrier oligopeptides,
Bioinformatics,
Gene expression,
Heavy metals,
Brassica oleracea,
Brassicaceae
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