| Revista: | Botanical Sciences |
| Base de datos: | PERIÓDICA |
| Número de sistema: | 000436299 |
| ISSN: | 2007-4298 |
| Autores: | Ricaño Rodríguez, Jorge1 Hipólito Romero, Enrique1 Ramos Prado, José M1 Cocoletzi Vásquez, Eliezer1 |
| Instituciones: | 1Universidad Veracruzana, Centro de EcoAlfabetización y Diálogo de Saberes, Jalapa, Veracruz. México |
| Año: | 2019 |
| Periodo: | Jul-Sep |
| Volumen: | 97 |
| Número: | 3 |
| País: | México |
| Idioma: | Español |
| Tipo de documento: | Artículo |
| Enfoque: | Experimental, analítico |
| Resumen en español | Se identificaron polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs) en Theobroma cacao mediante genotipados por secuenciación. En este documento se comparte por primera vez un conjunto de resultados relacionados con la variabilidad genética y naturaleza de regiones conservadas codificantes de secuencias nucleotídicas reducidas de variedades nativas mexicanas de cacao. Hipótesis: La obtención de genomas reducidos mediante enzimas de restricción (REs) de especímenes de T. cacao permite caracterizar polimorfismos de nucléotidos únicos (SNPs) así como regiones conservadas codificantes (CDs). Especie en estudio: Theobroma cacao L. (Malvaceae) Sitio de estudio y fechas: Las varetas de T. cacao provienen de distintas parcelas agroforestales tradicionales situadas en los municipios de Cárdenas, Huimanguillo, Comalcalco, Paraíso, Jalpa de Méndez y Cunduacán, Tabasco, así como los municipios de Ixtacomitán y Pichucalco, Chiapas, México; y fueron recolectadas e injertadas entre mayo y junio de 2018. Métodos: Se realizó un genotipado por secuenciación para la caracterización de biobancos, complementado con estudios computacionales de caracterización molecular taxonómica y regiones codificantes, así como evolución mínima de transcritos proteicos. Resultados: Las muestras de T. cacao poseen distintos porcentajes de SNPs (2-11 %) y los análisis de evolución molecular calcularon probabilidades máximas compuestas similares. Se observaron secuencias conservadas en las regiones codificantes de los genomas que predicen ontologías heurísticas reagrupadas evolutivamente en cinco clústeres relacionadas con procesos de transcripción y metabolismo secundario. Conclusiones: El método GBS permite identificar SNPs en cacao. La caracterización de genomas reducidos determinó la correlación estructural y transcripcional entre muestras y el genoma de referencia del cacao Criollo |
| Resumen en inglés | Single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been identified in Theobroma cacao through a genotyping-by-sequencing approach. Through this research it is shared for the first time a set of results related to genetic variability and nature of conserved coding regions of reduced nucleotide sequences of mexican native varieties of cocoa. Hypothesis: Obtaining reduced genomes of T. cacao specimens by restriction enzymes (REs) allows the characterization of single nucleotide polymorphisms (SNPs) as well as conserved coding regions (CDs). Species of study and dates: Theobroma cacao L. (Malvaceae) Study site: Theobroma cacao twigs came from traditional agroforestry plots located in the municipalities of Cardenas, Huimanguillo, Comalcalco, Paraiso, Jalpa de Mendez and Cunduacan, Tabasco, as well as Ixtacomitan and Pichucalco, Chiapas, Mexico; and they were collected and grafted among May and June from 2018. Methods: A method of genotyping-by-sequencing for the characterization of biobanks was developed. Filtering of crude sequences, genomic assembly, identification of SNPs, taxonomic molecular characterization and characterization of coding regions as well as minimum evolution of protein transcripts were performed. Results: Theobroma cacao samples showed different SNPs percentages (2-11 %) and the molecular evolution analyzes suggested similar maximum compound probabilities respect to their phylogeny. Conserved sequences were observed in the genomes´ coding regions, which suggest heuristic ontological predictions that have been evolutionarily regrouped in five clusters related to transcription processes and secondary metabolism. Conclusions: The GBS method allows to identify SNPs in cocoa. The characterization of reduced genomes determined the structural and transcriptional correlation between the samples and the reference genome of cacao Criollo |
| Disciplinas: | Biología |
| Palabras clave: | Genética, Angiospermas, Evolución y filogenia, Theobroma cacao, Variedades nativas, Cacao, Secuenciación génica, Genotipificación, Polimorfismo genético, Nucleótidos, Tabasco, Chiapas, México |
| Keyword: | Genetics, Angiosperms, Evolution and phylogeny, Theobroma cacao, Cocoa, Native varieties, Genotyping, Gene sequencing, Genetic polymorphism, Nucleotides, Tabasco, Chiapas, Mexico |
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