| Revista: | Alerta (San Salvador) |
| Base de datos: | PERIÓDICA |
| Número de sistema: | 000441561 |
| ISSN: | 2617-5274 |
| Autores: | Ortega Pérez, Carlos Alexander1 Rivera, Noé Rigoberto1 Sandoval López, Xochitl2 Hernández Avila, Carlos Enrique2 |
| Instituciones: | 1Universidad de El Salvador, Facultad de Medicina, San Salvador. El Salvador 2Instituto Nacional de Salud, San Salvador. El Salvador |
| Año: | 2021 |
| Volumen: | 4 |
| Número: | 1 |
| Paginación: | 72-77 |
| País: | El Salvador |
| Idioma: | Español |
| Tipo de documento: | Artículo |
| Enfoque: | Analítico, descriptivo |
| Resumen en español | El 18 de marzo se reporta el primer caso de infección por SARS- CoV-2 confirmado en El Salvador y durante el mes de octubre de 2020 se logra secuenciar el genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras obtenidas en el país. Objetivo. Analizar in silico las mutaciones detectadas en las secuencias aisladas en El Salvador. Metodología. Se utilizó la plataforma SOPHiA-DDM-V5.7.10., para la determinación de las variantes por mutaciones con sentido erróneo. Se utilizó la plataforma Nexclade beta v0.8.1.; se visualizó y comparó la proteína S silvestre (D614: PDB ID: 6VXX) y de la variante mutada (D614G: PDB ID: 6XS6). Para el modelamiento y generación de imágenes de los detalles moleculares de las proteínas se utilizó Pymol-v1.7.2.3. Resultados. Los cristales de la proteína S silvestre y mutada muestra diferencias a nivel molecular, incluyendo la pérdida de interacciones entre el residuo G614 del dominio S1 y la treonina 859 de dominio S2, favoreciendo de esta manera la conformación abierta de la proteína S, la cual es necesaria para la interacción de S con el receptor ACE2. Conclusión. Los hallazgos confirman el predominio de la variante D614G en este grupo de secuencias, lo cual probablemente favorece su transmisibilidad, que puede explicarse por la configuración de los sitios de unión con receptor ACE2. El predominio mundial de la D614G y las evidencias de laboratorio y bioinformáticas publicadas hasta la fecha, apuntan hacia una posible mayor infectividad y transmisibilidad |
| Resumen en inglés | The genome sequencing of indigenous samples of SARS-Cov-2 was carry out in October 2020. Objective. To analyze in silico the detected mutation in the isolated sequencies in El Salvador. Methodology. The sequencies were analyzed using the SOPHiA-DDM-V5.7.10 bioinformatic platform; the platform Nexclade beta v0.8.1 was used for the determination of variants due to missense mutation; the indigenous protein S (D614: PDB ID: 6VXX), was visualized and compared as well as the one from the mutant variant (D614G: PDB ID: 6XS6); Pymol-v1.7.2.3. was used in modeling and imaging generation of the proteins’ molecular details. Results. The analysis of the wild protein S crystals and the mutant ones, show differences at molecular level, including the loss of interactions between the residue G614 of the S1 domain and the threonine 859 of the S2 domain, favoring in such manner, the open configuration of the protein S, which is necessary for the interaction between S with the ACE2 receptor. Conclusion. The global dominance of the D614G and the bioinformatic and laboratory evidences published up to date, show a possible higher infectivity and transmissibility conferred by the variant D614G detected in the sequence of SARS-Cov-2 in El Salvador |
| Disciplinas: | Medicina |
| Palabras clave: | Virus, Genética, SARS-CoV-2, Análisis genómico, Mutaciones, COVID-19 |
| Keyword: | Virus, Genetics, SARS-CoV-2, Genomic analysis, Mutations, COVID-19 |
| Texto completo: | https://alerta.salud.gob.sv/wp-content/uploads/2021/01/Analisis-de-la-mutacion-D614G_version-final_25-enero-2021_h_14-16-m.pdf |
