Implementation of an iterative deconvolution algorithm and its evaluation on three-dimensional images of fluorescence microscopy



Título del documento: Implementation of an iterative deconvolution algorithm and its evaluation on three-dimensional images of fluorescence microscopy
Revista: Acta microscópica
Base de datos: PERIÓDICA
Número de sistema: 000274569
ISSN: 0798-4545
Autores: 1


Instituciones: 1Universidad Nacional de Entre Ríos, Facultad de Ingeniería, Paraná, Entre Ríos. Argentina
Año:
Volumen: 16
Número: 1-2
Paginación: 8-15
País: Venezuela
Idioma: Inglés
Tipo de documento: Artículo
Enfoque: Experimental, aplicado
Resumen en español La biología celular y molecular buscan entender las complejas funciones celulares y las interacciones entre las células y el ambiente. Para lograr esto deben describirse diferentes procesos en tiempo real e in situ. La microscopía digital de deconvolución es una de las herramientas más poderosas usadas previamente para analizar y cuantificar las moléculas celulares. Esta microscopía emplea la función de transferencia óptica para cuantificar la degradación de la imagen producida por la aberración de los lentes. El proceso de deconvolución permite la reconstrucción de imágenes tridimensionales que pueden ser visualizadas y cuantificadas. La calidad de la reconstrucción tridimensional depende del tipo de algoritmo de deconvolución empleado. Los algoritmos de deconvolución lineal han mostrado ser útiles cuando se requiere alta velocidad de procesamiento. Sin embargo, el proceso de inversión involucrado produce amplificación de ruido. Por otro lado, los algoritmos iterativos son más realistas ya que trabajan en estimadores que permiten la cuantificación del nivel de restauración alcanzado en cada ciclo. Esta investigación presenta los resultados de la evaluación de una implementación particular de un algoritmo iterativo basado en el esquema de actualización de Van Cittert. El algoritmo fue probado en imágenes de muestras biológicas. Los resultados obtenidos muestran que el algoritmo conserva las intensidades, disminuye la información de baja frecuencia y no amplifica las altas frecuencias
Resumen en inglés Cellular and molecular biology seek to understand complex cellular functions and cell interaction with the environment. To achieve this, different real-time and in situ processes must be described. Digital deconvolution microscopy is one of the most powerful tools used previous to the analyses and quantification of cell molecules. It uses the microscopy system’s optical transfer function to quantify the image degradation produced by lens aberrations. The deconvolution process allows the reconstruction of three-dimensional images that can be then visualized and quantified. The quality of three-dimensional reconstruction depends on the type of deconvolution algorithm used. Linear deconvolution algorithms have shown to be useful when high processing speed is necessary. However, the inversion process involved produces noise amplification. On the other hand, iterative algorithms are more realistic since they work on an estimator that permits the quantification of the level of restoration achieved in every cycle. This paper shows the results of the evaluation of a particular implementation of an iterative algorithm based on the Van Cittert update scheme. The algorithm was tested on images of biological specimens. Results obtained show that the algorithm conserves intensities, decreases low frequency information and does not amplify high frequencies
Disciplinas: Física y astronomía,
Matemáticas
Palabras clave: Optica,
Matemáticas aplicadas,
Microscopía de fluorescencia,
Reconstrucción tridimensional,
Deconvolución,
Algoritmos iterativos,
Función de transferencia
Keyword: Physics and astronomy,
Mathematics,
Optics,
Applied mathematics,
Fluorescence microscopy,
Three-dimensional reconstruction,
Deconvolution,
Iterative algorithms,
Transference function
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