| Revista: | Visao academica |
| Base de datos: | PERIÓDICA |
| Número de sistema: | 000443102 |
| ISSN: | 1518-5192 |
| Autors: | Freitas-Lidani, Karita Claudia1 Ferreira, Daniela Scherner3 Madeira, Humberto Maciel Franca3 Gabriel, Jane Eyre2 |
| Institucions: | 1Universidade Federal do Parana, Curitiba, Parana. Brasil 2Universidade Federal do Vale do Sao Francisco, Petrolina, Pernambuco. Brasil 3Universidade Catolica do Parana, Sao Jose dos Pinhais, Parana. Brasil |
| Any: | 2019 |
| Període: | Ene-Mar |
| Volum: | 20 |
| Número: | 1 |
| Paginació: | 83-91 |
| País: | Brasil |
| Idioma: | Portugués |
| Tipo de documento: | Artículo |
| Enfoque: | Descriptivo |
| Resumen en inglés | The current study aimed to maximize the amplification of templates of genomic DNA isolated from microorganisms typical of rumen microflora. Samples of genomic DNA were submitted to serial dilutions, followed by amplification in thepresence of specific primers for the 16S ribosomal RNA gene. A 500bp amplicon was visualized into agarose gels to verify the efficiency and specificity of in vitro amplification reactions. Lower efficiency and detection of non-specific amplicons were demonstrated in the reactions containing templates of genomic DNA ranging of 19.2 to 40.0ng. Higher intensity and specificity of the amplification product were exclusively detected in the presence of genomic DNA ranging of 0.8 to 1.6ng. No amplification was revealed in PCRs containing higher amounts of genomic DNA ranging of 98 to 200ng. Thus, higher concentrations of genomic DNA templates showed weak specificity and efficiency in the amplification reactions compared to amplifications using concentrated genomicDNA templates. These results evidenced that higher specificity of amplicon of interest was showed in the amplification reactions using lower genomic DNA template isolated from ruminal fluid than the amounts generally described in conventional procedure. The findings described in current study reveal an accessible strategy to improve efficiency of in vitro amplifications using genomic DNA isolated from complexes microbial communities |
| Resumen en portugués | O presente estudo teve como objetivo maximizar a amplificação in vitro de amostras de DNA genômico extraídas a partir de micro-organismos típicos da microbiota ruminal. Diferentes concentrações de amostras de DNA genômico isoladas a partir líquido ruminal foram empregadas como fitas moldes em reações de amplificação na presença de iniciadores específicos para o gene do RNA ribossomal 16S. Um produto amplificado de aproximadamente 500pb foi visualizado em eletroforese em géis de agarose. Baixa eficiência de amplificação com a presença de produtos não-específicos de amplificação foi verificada nas PCRs realizadas na presença de DNA genômico variando de 19,2 a 40ng. Produtos de amplificação foram exclusivamente detectados com maior intensidade e alta especificidade nas amostras de DNA genômico contendo as menores quantidades de fita-molde de 0,8 a 1,6ng. Ausência de sinal de amplificação foi verificada nas reações de PCRs contendo maiores quantidades de DNA genômico variando de 98 a 200ng. Assim, amostras de DNA mais concentradas demonstraram baixa eficiência e especificidade de amplificação em comparação às amostras menos concentradas de fitas moldes. Desta forma, os resultados descritos nesse estudo evidenciam que concentrações de DNA inferiores às quantidades geralmente recomendadas nos protocolos convencionais produziram amplicon com alta especificidade nas reações de amplificação, empregando como fitas moldes DNA genômico isolado a partir de microbiota ruminal. As descobertas descritas nesse estudo apresentam uma estratégiaacessível para amplificar in vitro fragmentos de DNAs genômicos ruminais provenientes de complexas comunidades microbianas |
| Disciplines | Biología |
| Paraules clau: | ADN genómico, In vitro, Microorganismos, Microbiota ruminal, Rumen |
| Keyword: | Genomic DNA, In vitro, Microorganisms, Rumen microbiota |
| Text complet: | https://revistas.ufpr.br/academica/article/view/64240/38577 |
