| Revista: | Revista mexicana de fitopatología |
| Base de datos: | PERIÓDICA |
| Número de sistema: | 000450784 |
| ISSN: | 0185-3309 |
| Autors: | Simpson, June1 Avila de Dios, Emmanuel1 Gómez Vargas, Alan D1 Pérez López, Arely V1 Castro Mexicano, Andrea1 Meléndez Barraza, Yoselin1 Hernández Soriano, Laura1 Gálvez Sandré, Laura1 López Rosas, M. Erendira1 Medina Chávez, Rocío1 Gil Vega, Katia D.C1 |
| Institucions: | 1Instituto Politécnico Nacional, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Irapuato, Guanajuato. México |
| Any: | 2022 |
| Volum: | 40 |
| Número: | 2 |
| Paginació: | 263-269 |
| País: | México |
| Idioma: | Inglés |
| Tipo de documento: | Nota breve o noticia |
| Enfoque: | Experimental, analítico |
| Resumen en español | El desarrollo de la secuenciación de nueva generación ha abierto la posibilidad de llevar a cabo análisis genéticos moleculares detallados en especies no-modelo. Aquí se presentan estrategias para llevar a cabo análisis de RNAseq en Agave tequilana que por primera vez han permitido la identificación y caracterización de genes involucrados en el metabolismo de fructanos y el tiempo de floración en especies de Agave. Basándose en datos in silico, los patrones de expresión de genes individuales fueron determinados y luego confirmados mediante qRT-PCR. Además, los cDNA´s correspondientes a genes de interés fueron clonados y caracterizados funcionalmente en sistemas heterólogos como Pichia pastoris y Arabidopsis thaliana. También se presentan datos obtenidos por análisis de RNAseq del patosistema C. lindemuthianum-P. vulgaris. Usando cepas de C. lindemuthianum que expresan la proteína fluorescente verde, es sencillo dar seguimiento al proceso de infección y se llevó a cabo RNAseq en diferentes etapas del proceso inicial de infección por C. lindemuthianum en P. vulgaris cultivar BAT93 usando razas virulentas o no virulentas de C. lindemuthianum (Raza 1088 y Raza 256 respectivamente). Por lo tanto, pudieron identificarse genes expresados diferencialmente y específicos para reacciones compatibles y no compatibles |
| Resumen en inglés | The advent of next generation sequencing has opened up the possibility to carry out detailed molecular genetic analysis on non-model species. Here we present strategies to carry out RNAseq analysis in Agave tequilana which for the first time have permitted the identification and characterization of genes involved in fructan metabolism and flowering time in Agave species. Based on in silico data, expression patterns for individual genes could be determined and later confirmed by qRT-PCR and cDNA´s of genes of interest were cloned and functionally characterized in heterologous systems such as Pichia pastoris and Arabidopsis thaliana. We also present data obtained by RNAseq analysis of the C. lindemuthianum-P. vulgaris pathosystem. Using strains of C. lindemuthianum expressing the green fluorescent protein, the infection process can easily be followed. RNAseq was carried out at different time points during the initial stages of infection by C. lindemuthianum on P. vulgaris cultivar BAT93 using virulent or non-virulent races of C. lindemuthianum (Race 1088 and Race 256 respectively). Differentially expressed genes specific to compatible and non-compatible reactions could therefore be identified |
| Disciplines | Agrociencias, Biología |
| Paraules clau: | Genética, Plantas para uso industrial, Agave tequilana, Genómica, ADN, ARN, Clonación, Proceso de infección |
| Keyword: | Genetics, Plants for industrial use, Agave tequilana, Genome, Cloning, RNA, DNA, Infection process |
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