| Revista: | Revista amazónica: Ciencia y tecnología |
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| Número de sistema: | 000544449 |
| ISSN: | 1390-5600 |
| Autors: | Cevallos Vilatuña, Tiffany Yiselle1 Garzón Salazar, Karen Alejandra1 Idrovo Espín, Fabio Marcelo2 |
| Institucions: | 1Universidad de las Américas, 2Central University of Ecuador, |
| Any: | 2019 |
| Volum: | 8 |
| Número: | 1 |
| Paginació: | 1-11 |
| País: | Ecuador |
| Idioma: | Español |
| Resumen en inglés | The genes known as "housekeeping" control or regulate basic cellular processes and always remain activated, regardless of experimental conditions or between cells of different tissues. Vasconcellea pubescens, a species widely distributed in South America and belongs to the family Caricaceae just like papaya. First, primers for the EF1α gene were designed on basis of the genome of Carica papaya and Arabidopsis thaliana. Then, V. pubescens seedlings were subjected to three different temperatures. The quantification of the relative expression of the gene was performed by densitometry. Finally, the fragments obtained from RT-PCR were sequenced by second generation Sanger Sequencing and the bioinformatic analysis were performed with MEGA X while the statistical analysis were performed with RCommander. A 173 bp fragment was obtained which was named VpEF1α. The nucleotide sequence and the translation to amino acids turned out to be very similar when compared to known EF1α sequences from other plant species. From the phylogeny performed with the predicted protein, VpEF1α was grouped in a single clade with sequences of poplar, cocoa and papaya, all of them arboreal, while Arabidopsis and tobacco were located in another clade. The expression of the VpEF1α gene was similar in all the three temperatures evaluated, fulfilling the requirement that it does not change its expression at different experimental conditions. In this way an EF1 α type gene was described in V. pubescens (chamburo) that could be used as an internal control or housekeeping gene in future studies. |
| Resumen en español | Los genes conocidos como "housekeeping" controlan o regulan procesos celulares básicos y permanecen activados siempre, independientemente de las condiciones experimentales o entre las células de diferentes tejidos. Vasconcellea pubescens, es una especie ampliamente distribuida en América del Sur y pertenece a la familia Caricaceae al igual que la papaya. En primer lugar, se diseñaron primers para el gen EF1α en base al genoma de Carica papaya y Arabidopsis thaliana. Después, plántulas de V. pubescens se sometieron a tres temperaturas diferentes. La cuantificación de la expresión relativa del gen se realizó por densitometría. Finalmente, los fragmentos obtenidos de la RT-PCR se secuenciaron por Secuenciación Sanger de segunda generación y los análisis bioinformáticos se realizaron con MEGA X mientras que los análisis estadísticos se realizaron con RCommander. Se obtuvo un fragmento de 173 pb que se denominó VpEF1α. La secuencia de nucleótidos y la traducción a aminoácidos resultaron ser muy similares al compararlas con secuencias Ef1α conocidas de otras especies vegetales. A partir de la filogenia realizada con la proteína predicha, VpEF1α se agrupó en un solo clado con secuencias de álamo, cacao y papaya, todas ellas arbóreas, mientras que Arabidopsis y tabaco se ubicaron en otro clado. La expresión del gen VpEF1α fue similar en las tres temperaturas evaluadas cumpliendo el requisito de que no cambie su expresión a diferentes condiciones experimentales. Se describió de esta forma un gen tipo EF1α en V. pubescens (chamburo) que podría ser utilizado como gen control interno o housekeeping en estudios futuros. |
| Paraules clau: | Housekeeping gene, V. pubescens, expresión, secuenciación, filogenia |
| Keyword: | Housekeeping gene, V. pubescens, expression, sequencing, phylogeny |
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