| Revista: | Journal of the Brazilian Chemical Society |
| Base de datos: | PERIÓDICA |
| Número de sistema: | 000311166 |
| ISSN: | 0103-5053 |
| Autors: | Rodrigo, Jordi1 Barbany, Montserrat Gutiérrez de Terán, Hugo Centeno, Nuria B Càceres, Miquel de Dezi, Cristina Fontaine, Fabien Lozano, Juan J Pastor, Manuel Villà, Jordi Sanz, Ferran |
| Institucions: | 1Universidad Pompeu Fabra, Instituto Municipal de Investigación Médica, Barcelona. España |
| Any: | 2002 |
| Període: | Dic |
| Volum: | 13 |
| Número: | 6 |
| Paginació: | 795-799 |
| País: | Brasil |
| Idioma: | Inglés |
| Tipo de documento: | Artículo |
| Enfoque: | Experimental, aplicado |
| Resumen en inglés | Molecular Interaction Potentials (MIP) are frequently used for the comparison of series of compounds displaying related biological behaviors. These potentials are interaction energies between the considered compounds and relevant probes. The interaction energies are computed in the nodes of grids defined around the compounds. There is a need of detailed and objective comparative analyses of MIP distributions in the framework of structure-activity studies. On the other hand, MIP-based studies do not have to be restricted to series of small ligands, since such studies present also interesting possibilities for the analysis and comparison of biological macromolecules. Such analyses can benefit from the application of new methods and computational approaches. The new software MIPSim (Molecular Interaction Potentials Similarity analysis) has recently been introduced with the purpose of analyzing and comparing MIP distributions of series of biomolecules. This program is transparently integrated with other programs, like GAMESS or GRID, which can be used for the computation of the potentials to be analyzed or compared. MIPSim incorporates several definitions of similarity coefficients, and is capable of combining several similarity measures into a single one. On the other hand, MIPSim can perform automatic explorations of the maximum similarity alignments between pairs of molecules |
| Resumen en portugués | Potenciais Moleculares de Interação (PIMs) são frequentemente utilizados na comparação de séries de compostos que apresentam funções biológicas relacionadas. Esses potenciais representam as energias de interação entre os compostos de interesse e sondas químicas apropriadas. As energias de interação são calculadas computacionalmente em uma grade de pontos onde os compostos estão justapostos. É necessário que se efectuem análises comparativas objectivas e detalhadas das distribuições dos PIMs dentro do contexto de estudos de estrutura-atividade. Por outro lado, estudos baseados em PIMs não precisam estar restritos a séries de ligantes, pois este tipo de estudos também abre novas perspectivas na análise e comparação de macromoléculas biológicas. Essas análises podem ser melhoradas pela aplicação de novos métodos e procedimentos computacionais. Um novo programa de computador chamado MIPSim foi desenvolvido recentemente com o objetivo de analisar e comparar distribuições de MIPs de séries de biomoléculas. Este programa está integrado em outros como GAMESS ou GRID, que podem ser usados para o cálculo de potenciais que serão analizados e comparados. O programa MIPSim incorpora várias definições de coeficientes de similaridade e combina várias medidas de similaridade em uma só. Além disso, através deste programa pode-se explorar, automaticamente, os alinhamentos de similaridade máxima entre pares de moléculas |
| Disciplines | Química, Biología |
| Paraules clau: | Bioquímica, Potenciales de interacción molecular, Campos de interacción molecular, Potencial electrostático molecular, Similitud molecular, Biomoléculas |
| Keyword: | Chemistry, Biology, Biochemistry, Molecular interaction potentials, Molecular interaction fields, Molecular electrostatic potential, Molecular similarity, Biomolecules |
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