New perspectives on the computational characterization of the kinetics of binding-unbinding in drug design: implications for novel therapies



Document title: New perspectives on the computational characterization of the kinetics of binding-unbinding in drug design: implications for novel therapies
Journal: Boletín médico del Hospital Infantil de México
Database: PERIÓDICA
System number: 000407679
ISSN: 1665-1146
Authors: 1
2
Institutions: 1Hospital Infantil de México "Federico Gómez", Unidad de Investigación en Enfermedades Oncológicas, Ciudad de México. México
2Icahn School of Medicine at Mount Sinai, Icahn Medical Institute Building, Mount Sinai, New York. Estados Unidos de América
Year:
Season: Nov-Dic
Volumen: 73
Number: 6
Pages: 424-431
Country: México
Language: Inglés
Document type: Artículo
Approach: Analítico, descriptivo
Spanish abstract La eficiencia de un fármaco se ha relacionado habitualmente con su constante de afinidad, magnitud que puede ser medida experimentalmente in vitro y que cuantifica la propensión mostrada por la molécula ligando para interaccionar con su proteína diana. Este modo de entender el mecanismo de acción ha guiado durante años el desarrollo de nuevas moléculas con potencial farmacológico. Sin embargo, dicho modelo o criterio no es infalible cuando se confronta con los resultados de ensayos in vivo. Otras magnitudes, como las constantes cinéticas de asociación o disociación o el tiempo de residencia del ligando acoplado a su proteína diana, demuestran ser igualmente necesarias para comprender y predecir la capacidad farmacológica del compuesto químico. En este nuevo escenario, con ayuda de las técnicas computacionales de simulación molecular, la correcta caracterización del proceso dinámico de unión y desunión del ligando y receptor resulta imprescindible para poder diseñar racionalmente nuevas moléculas que permitan terapias más eficaces y menos tóxicas
English abstract The efficiency and the propensity of a drug to be bound to its target protein have been inseparable concepts for decades now. The correlation between the pharmacological activity and the binding affinity has been the first rule to design and optimize a new drug rationally. However, this argument does not prove to be infallible when the results of in vivo assays have to be confronted. Only recently, we understand that other magnitudes as the kinetic rates of binding and unbinding, or the mean residence time of the complex drug-protein, are equally relevant to draw a more accurate model of the mechanism of action of a drug. It is in this scenario where new computational techniques to simulate the all-atom dynamics of the biomolecular system find its valuable place on the challenge of designing new molecules for more effective and less toxic therapies
Disciplines: Medicina,
Química
Keyword: Oncología,
Química farmacéutica,
Biología molecular,
Cáncer,
Diseño de fármacos,
Diseño asistido por computadora (CAD),
Dinámica molecular,
Cinética de unión,
Blancos terapéuticos
Keyword: Medicine,
Chemistry,
Oncology,
Medicinal chemistry,
Molecular biology,
Cancer,
Drug design,
Computer-aided design (CAD),
Molecular dynamics,
Binding kinetics,
Therapeutic targets
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